Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 3,152,939 | A→G | E235G (GAA→GGA) | metC → | cystathionine beta‑lyase/L‑cysteine desulfhydrase/alanine racemase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,152,939 | 0 | A | G | 99.2% | 399.9 / ‑5.5 | 122 | E235G (GAA→GGA) | metC | cystathionine beta‑lyase/L‑cysteine desulfhydrase/alanine racemase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (60/61); total (60/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GGAATCGCCAGGCTCCATCACCATGGAAGTCCACGACGTTCCGGCGATTGTTGCCGCCGTACGCAGTGTGGTGCCGGATGCCATCATTATGATCGACAACACCTGGGCAGCCGGTGTGCTGTTTAAGGCGCTGGATTTTGGCATCGATGTTTCTATTCAAGCCGCCACCAAATATCTGGTTGGGCATTCAGATGCGATGATTGGCACTGCCGTGTGCAATGCCCGTTGCTGGGAGCAGCTACGGGAAAATGCCTATCTGATGGGCCAGATGGTCGATGCCGATACCGCCTATATAACCAGCCGTGGCCTGCGCACATTAGGTGTGCGTTTGCGTCAACATCATGAAAGCAGTCTGAAAGTGGCTGAATGGCTGGCAGAACATCCGCAAGTTGCGCGAGTTAACCACCCTGCTCTGCCTGGCAGTAAAGGTCACGAATTCTGGAAACGAGACTTTACAGGCAGCAGCGGGCTATTTTCCTTTGTGCTTAAGA > NC_000913/3152694‑3153184 | ggAATCGCCAGGCTCCATCACCATGGAAGTCCACGACGTTCCGGCGATTGTTGCCGCCGTACGCAGTGTGGTGCCGGATGCCATCATTATGATCGACAACACCTGGGCAGCCGGTGTGCTGTTTAAGGCGCTGGATTTTGGCATCGATGTTTCTATTCAAGCCGCCACCAAATATCTGGTTGGGCATTCAGATGCGATGATTGGCACTGCCGTGTGCAATGCCCGTTGCTGGGAGCAGCTACGGGGAAAt < 1:252889/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |