Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,205,122 | 0 | A | G | 31.1% | 138.2 / 18.0 | 75 | G143G (GGA→GGG) | plsY | putative glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/31); new base G (21/2); total (41/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTTCTGAAAGGAATGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGACAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCAGGAGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAGCGCGAAAAGGATCCCGAGTGATTTCTGGTGGATCTACATGACCTGATAGCCTTCATCGGGCTTGCCCAGCCGTTGC > NC_000913/3204880‑3205366 | gTTCTGAAAGGAATGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AAACCGGTTACT‑GACCCTGC‑TATTGAGCGGGTACTCGTCGCCGGGGGCGGTT‑Gt > 1:435020/1‑251 (MQ=255) cTGAAAGGAATGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AAACTGGGTACT‑GACCGGGC‑TATTGAGCGGAAACTCGTCGCTGGGGGCGGTT‑GTc > 1:334089/1‑249 (MQ=255) aaaGGAATGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AAACTGGGTACT‑GACCGTGC‑TATTTAGCGGATACTCGTCCCTGGGGGCGATT‑GTCAGTGc > 1:329149/1‑251 (MQ=255) aaTGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCCGGGTACT‑GACCGCGC‑TATTGTGGGGGTACCCGTCGCCGGGGGCGAttttgcgggcactgg > 1:32341/1‑238 (MQ=255) aTGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGTCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGTATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGAt < 1:230591/251‑1 (MQ=255) cgtcgggagcgcGTATTAATTCGGTGACAGCTCCTTCCCGCTAGGTTGAATTTCCATCGCCGCCTGTCTTGGACGCATCTGGCTTGTTTTGTTCGGATGTAAAGGAGGTAAAGGCGTTCCTAACGCTATTGGTGCCAGCGCACCCATTGTCCGGAAACTCACCGGATTAAGGTCGGG‑AAGCTGTTTACT‑GACCGTGG‑TATTGAACGGATTCTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAccgttggcttcgt < 2:272945/243‑13 (MQ=255) ggggCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTa < 2:249423/250‑1 (MQ=255) gcgTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTccg < 1:185602/251‑3 (MQ=255) cgTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGGGAACC‑GGGTACT‑GACCGGGC‑TATTGAGCGGGTACTCGGCGCTGGGGGCGGTT‑GTTAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑Ggtttttttttgg > 1:548680/1‑243 (MQ=255) gtgtCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCca < 2:463401/251‑1 (MQ=255) aGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGGTACT‑GGCCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCCTCGCTGGGAGCGATT‑GTCCGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTTAGCCACAAtt > 1:630130/1‑251 (MQ=255) ggCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGGTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGAGT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGTTTC‑GTTTTATGTCT‑G‑GGGG‑GTTAAGCCACAATTCACCTT‑cccc > 1:357627/1‑250 (MQ=255) tAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCGGGGTATT‑GTCCGTGG‑TCATGGGCGGATACTCGTCGGTCGGGGGGATT‑TTTAGCGCAC‑CGATTGCTTC‑GTTTTTTTTTT‑GTGGGG‑TTTAA‑CCACAACTCACCTT‑ccccggt > 1:556278/1‑247 (MQ=255) 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cgccgcCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGc < 1:487002/250‑1 (MQ=255) cgccgcCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGc < 1:449025/250‑1 (MQ=255) cgccgcCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGc < 2:630130/250‑1 (MQ=255) gccTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGGGAACC‑GGGTACA‑CACCGGGC‑TATTGGGCGGGTACTCTTCGCTGGGGGCGATT‑TTCAGAGCAC‑TGACTTCTCC‑CCTTTTTTTCT‑G‑GGGGGTTTAA‑ACACAATTTTCCTT‑CCC‑GCTTTCTCTGCTCT‑C‑TTGccctat > 2:128384/1‑247 (MQ=255) gccTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGGTACT‑TACCGTGC‑TATTGGGCGGATAATCGTCGCCGGGGGGGGTT‑GTCCGGGCAC‑TGATTGCTCC‑CTTTTTTGTCT‑G‑GGGGGTTTAA‑CCACAAATTACCTT‑CCC‑GGGTTCGGTTCTCT‑C‑TTTCCtcat > 1:10296/1‑248 (MQ=255) gTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGAGTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTGGGTGCCATCGCACCCTTTGGCTGGGATCTCACCGGCGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTCC‑TATTGAGCGGATCCTCGTCGCTGGGCGCGATT‑GTCATTGCCC‑TGATTCCTCC‑TTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATGCACCTT‑CAC‑TGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGCCTggtctt < 2:13058/250‑6 (MQ=255) 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ccATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGACAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCAGGAGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAgcgc < 2:32341/251‑1 (MQ=255) aTTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGACAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCAGGAGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAGCGCGa < 1:128384/251‑1 (MQ=255) tctcACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGGTACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGAGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTTTGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCCCCTT‑CCC‑CGGTTCGATGCTCT‑C‑TTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGAAAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCCGGGGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAGCGCGAAAAAGATCCCg > 1:604789/1‑251 (MQ=255) 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ccTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GCGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGACAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCAGGAGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAGCGCGAAAACGATCCCGAGTGATTTCTGGTGGATCTACAt > 1:255329/1‑251 (MQ=255) ggTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGACAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCAGGAGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAGCGCGAAAAGGATCCCGAGTGATTTCTGGTGGATCTACATGAc > 2:136956/1‑251 (MQ=255) ggTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACGCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGACAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCAGGAGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAGCGCGAAAAGGATCCCGAGTGATTTCTGGTGGATCTACATGAc < 2:556278/251‑1 (MQ=255) 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GTTCTGAAAGGAATGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGCGGG‑AACCTGGTTACT‑GACCGTGC‑TATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATT‑GTCAGTGCAC‑TGATTGCTCC‑GTTTTATGTCT‑G‑GTGG‑TTTAAGCCACAATTCACCTT‑CCC‑GGTTTCGATGCTCT‑C‑TTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGACAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCAGGAGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAGCGCGAAAAGGATCCCGAGTGATTTCTGGTGGATCTACATGACCTGATAGCCTTCATCGGGCTTGCCCAGCCGTTGC > NC_000913/3204880‑3205366 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |