| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,292,458 | 0 | T | A | 35.1% | 59.2 / 13.5 | 38 | intergenic (+93/+51) | galU/hns | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/5); new base A (0/13); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCA‑TAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAG‑CCTGG‑CTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACC‑GGACAATAAAAAATCCC‑GCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTCAACGTAGCTATATTTTGCCGGACGCTGAGCACGTTTAGCTTTGGTGCCAGATTTAACGGCAGCAAGGCTATTCAGCAGT > NC_000913/1292209‑1292701 | aGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCA‑TAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAG‑CCTGG‑CTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAGACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACC‑GGACAAt > 2:130826/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |