Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 37.8% | 47.7 / 19.9 | 37 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial protein YbgD/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/7); new base A (0/14); total (16/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTT‑CATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATT‑GAAAGTATTGGGTT‑GCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTT‑AAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTA‑CAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATA‑CCCATCGCTTTCAGGATGATACC > NC_000913/752879‑753370 | tAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTT‑CATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATT‑GAAAGTATTGGGTT‑GCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTT‑AAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTA‑CAATTTTTTGTGTTTATGCATATaaa < 1:223741/250‑1 (MQ=255) 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TAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTT‑CATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATT‑GAAAGTATTGGGTT‑GCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTT‑AAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTA‑CAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATA‑CCCATCGCTTTCAGGATGATACC > NC_000913/752879‑753370 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |