| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,915,950 | T→C | D8G (GAC→GGC) | atpC ← | ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,915,950 | 0 | T | C | 98.9% | 295.0 / NA | 90 | D8G (GAC→GGC) | atpC | ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (36/53); minor base G (1/0); total (37/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
GCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTA‑CCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGTCCAGGTGGTAAGTCATTGCCATATCACCCTCCGATTAAGGCGTTAAAGTTTTTTGGCTTTTTCCACAGCTTCTTCGATGGAACCGACCATGTAGAACGCCTGCTCCGGCAGGTGATCGTATTCGCCTTCCATGATGCCTTTAAAGCCACGGATGGTGTCTTTCAGGGAGACGTATTTACCCGGAGAACCGGTGAATACTTCTGCCACGAAGAACGGCTGGGACAGGAAGCGCTGGATCTTACGAGC > NC_000913/3915712‑3916196 | gCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTA‑CCTGGATTTTCTCTACCAGACCAGATAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGCCCAGGTGGTAAg < 1:407850/251‑1 (MQ=255)gCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTA‑CCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGCCCAGGTGGTAAg < 1:9028/251‑1 (MQ=255)gCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGGGCGTGGCCAGGGGAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTA‑CCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGATCTGCGCTGACGACGCCCAGGGGGTa > 1:406019/1‑249 (MQ=255) cgAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGGAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTA‑CCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGGAGCCCAGGTGGGAAGGCAt > 1:372216/1‑251 (MQ=255) gAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGGGCAGCGGGGCGGGGCCCGGGGAGATCCCCCGATCACCTTCGCTCCCCGTTA‑CCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGCGAACATTTTTTTCTCTGCGCCGGCGACGCCCAGGGGGTCAGTCAtt > 1:220293/1‑251 (MQ=255) cGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTA‑CCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGCCCAGGTGGTAAGTCATTGCCata < 1:17015/251‑1 (MQ=255) ggCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTA‑CCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGCCCAGGTGGTAAGTCATTGCCATATCACCCt < 1:22071/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |