| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 64,196 | 0 | G | A | 31.3% | 81.2 / 68.7 | 84 | Q529* (CAA→TAA) | polB | DNA polymerase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/29); new base A (11/15); total (39/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.30e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTATCGGCTCCGCGAATGGTTGGCATCAGAAAACGGCAGAAATGGGTTTCATACTCCAGTTCTAATGCGCTGGTCAGCCGTTGTTTTTGCAGCGTTTCCGCCCACCAGGCGTTAACGTGCTGCACCAGTGCACGACCGATTTTCGCCGCTTCTTCTTCCGAATGTGCGCCTTTCAGCCAGACAAACGTTGAGTCGGTATCGCCGTAGATAACGTCGTAGCCCTGTGCTTCAATCAACGCTTTGGTTTG‑CCGCATGATCTGATGACCACGCATGGTGATCGACGATGCCAGCCGCGGATCGAAGAAGCGGCAGGCGGTGGTGCCGAGCACGCCATAAAAGGCAT‑TCATGATGATTTTCAGCGCCTGCGACAGCGGTTTGTTACCCTGGCGTTTGGCTTCATCGCGCCCGTGCCAGATGTTAGTCACAATCTCCGGCAGGCAATGTTTTTCTCGCGAGAACCAGGCATCGAGAAAACCTTCGGTACTGTGCTC > NC_000913/63949‑64439 | gTATCGGCTCCGCGAATGGTTGGCATCAGAAAACGGCAGAAATGGGTTTCATACTCCAGTTCTAATGCGCTGGTCAGCCGTTGTTTTTGCAGCGTTTCCGCCCACCAGGCGTTAACGTGCTGCACCAGTGCACGACCGATTTTCGCCGCTTCTTCTTCCGAATGTGCGCCTTTCAGCCAGACAAACGTTGAGTCGGTATCGCCGTAGATAACGTCGTAGCCCTGTGCTTCAATCAACGCTTTGGTTTA‑CCg < 1:416822/251‑1 (MQ=255) aTCGGCTCCGCGAATGGTTGGCATCAGAAAACGGCAGAAATGGGTTTCATACTCCAGTTCTAATGCGCTGGTCAGCCGTTGTTTTTGCAGCGTGTCCGCCCACCAGGCGTTAACGTGCTGCACCAGTGCACGACCGATTTTCGCCGCTTCTTCTTCCGAATGTGCGCCTGTCAGCTAGACAAACGTTGAGTCGGTATCGCCGTATATAACGTCGTAGCCCTGTGCTTCAATCAACGCCTTGGTTTA‑CCGc < 1:302318/250‑1 (MQ=255) ggCTCCGCGAATGGTTGGCATCAGAAAACGGCAGAAATGGGTTTCATACTCCAGTTCTAATGCGCTGGTCAGCCGTTGTTTTTGCAGCGTTTCCGCCCACCAGGCGTTAACGTGCTGCACCAGTGCACGACCGATTTTCGCCGCTTCTTCTTCCGAATGTGCGCCTTTCAGCCAGACAAACGTTGAGTCGGTATCGCCGTAGATAACGTCGTAGCCCTGTGCTTCAATCAACGCTTTGGTTTG‑CCGCATg > 2:116690/1‑250 (MQ=255) gCTCCGCGAATGGTTGGCATCAGAAAACGGCAGAAATGGGGTTCGTACTCCAGTTCTAATGCGCTGGTCAGCCGTTGTTTTTGCAGAGTTTCCGCCCACCACGCGTTAACGTGATGCACCAGTGAACGACCGATTTTCGCCGCTTCTTCTTCCGAATGAGCGCCTTTCAGCCAGACAAACGTTGAGTCGGTATCGCCGTAGATAACGTCGTAGCCCTGTGCTTCAATCAACGCTTTGGGTTG‑CCGCATGAt > 1:191970/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |