Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,145,076 | 0 | A | C | 32.9% | 84.8 / 11.7 | 77 | N361T (AAC→ACC) | pflD | putative formate acetyltransferase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/22); new base C (1/24); total (30/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTCTATCAGACATCATTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑CGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACGGCTTGCATGACATCGCGATGTTTAATCTGCTGAAAGTGATGG > NC_000913/4144829‑4145324 | ttCTATCAGACATCATTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCACCCGAAccc > 2:314548/1‑250 (MQ=255) aaaaactttgattccgggcccAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCGCCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑GTTGCCTTG‑ACTCCTATCAAAGCTT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTc < 2:378131/233‑1 (MQ=255) cAGACATCATTACCCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGATCGACTCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑GGTTCC‑TTTGACTTG‑AAGCCTATCAAAGCGG‑GGAATTACCGAAACCGAACCTCGG‑Cgg > 2:248087/1‑250 (MQ=255) atTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCGGCAAGAACTGCGCGAATCTTTATGGGTGAACTGCAACGACAGCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTGCGTCGGTTGCCCGACCGGCTATACCGCT‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGCACGGACGGAGCGCGGGTAACGGGCGTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGGCTATCAAAGCGT‑GTAATTGCCGCAGCCGAACTTCGG‑CTTGCGCAC‑Ta < 2:414647/251‑1 (MQ=255) aCCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGGAGCGCGGTGAACGGGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CTGGCGCAccacccc > 2:339290/1‑245 (MQ=255) ggCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTCTGGGTGAAATGCAACGACATCGTCCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGG‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑At > 1:187530/1‑251 (MQ=255) gCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑c > 2:74499/1‑251 (MQ=255) gAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑Cg > 1:112675/1‑250 (MQ=255) aaGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTGCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑CGac < 2:284759/251‑1 (MQ=255) aGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑AGac > 1:267060/1‑250 (MQ=255) 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aaCTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑CGACACGCCGTTCCTGATGAAAAcc > 1:216784/1‑251 (MQ=255) aCTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑CGACACGCCGTTCCTGATGAAAAccg > 1:127153/1‑251 (MQ=255) gcccGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGGGCGTTATTTCGCCGGTTCCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTGG‑ATGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCGCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑CGACACGCCGTTCCTGATGAAAAccgc < 2:62791/246‑1 (MQ=255) agtCGAACCTTTATGGGTGAAATGAAACGCAATCGTGGTGTTGCGCTCCACCGGTA‑GCGCGCGTTATGTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CAGC‑TCTGCTGGTTAGCCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTTCGTG‑CGTGCC‑TTTGCCGTG‑ACGCCGATCAAAGCGT‑GCAAGTCCGGCAACCGAACTTCGG‑CGGGCGCAG‑GAACGCCGAT‑AT‑CGACACGCCGTTCCTGATGAAAAccgc < 2:182203/247‑1 (MQ=255) cTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑CGACACGCCGTTCCTGATGAAAAccgccg > 1:224036/1‑250 (MQ=255) aaTCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑CGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAAcc > 1:387239/1‑251 (MQ=255) aTCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑CGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAAcc > 1:232345/1‑250 (MQ=255) tttATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTA‑GCGAGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCA‑CTGC‑TCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAAGCGT‑GCAATTACCGCAACCGAACCTCGG‑CGTGCGCAC‑TAACGCCTTG‑AT‑CGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAAACATTc > 1:168500/1‑251 (MQ=255) gtgggtaaaaggaagcgacctgttGCTGTTGCGCCCCACCGTTG‑GCGCCCGTTTTTTCGCCGTTTTCCCAACCGGCTATCCCGCC‑CTGC‑TCGGCGGTTTACCCGAGAACGGGCGTGGCGCGGTGAACGGGCTTT‑CGTTCC‑TTTGCCTTG‑ACGCCTATCAAGGCGT‑GAAATTCCCGCACCCGACCCTGGG‑CGTCCGCAC‑AAACGCCTTG‑AT‑CGAACCGCTGTTCCGGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCt < 2:146411/228‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |