| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,532,243 | 0 | G | T | 25.9% | 89.7 / 11.7 | 58 | intergenic (+19/‑166) | cysZ/cysK | sulfate:H(+) symporter/cysteine synthase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/27); new base T (15/0); total (31/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAGCCATCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACGGACGCATT > NC_000913/2531998‑2532492 | tAGCCATCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑GTGTTTTTTaaa > 2:6630/1‑250 (MQ=255)tAGCCATCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTGTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTaaa < 2:207040/250‑1 (MQ=255) atccATCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGGTAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGGGATGCGCACCGTCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGGTTACGATGATCCCGCTGCGTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCTTTTGTGGCGCGACGGGGATGTGGGTCGATTGCTATCGGTATAAACACGCGATGTGGCGGTAACGAT‑CTACGGG‑TTATTTTGGAAAcc < 2:210474/249‑1 (MQ=255) aGCCATCCAGTATTGCACTTCCCCCTTCGATAAGCACTAAGTGCAGTTTCACGAGATCCGCACCGACCTGCGGCCACGCAAAATAACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGGAA‑AATACTAACGG‑TTATTTTGTACAcc > 2:28343/1‑251 (MQ=255) cATCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGAGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGAGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAAACAT‑CTAACGG‑TTATTTTGTAAACCggt > 1:74696/1‑249 (MQ=255) aTCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGGTAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGttt < 1:216814/251‑1 (MQ=255) aTCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGttt < 1:288736/251‑1 (MQ=255) gTATTTCGAGTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCCCCCGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTtgtgtg < 2:14678/251‑1 (MQ=255) gTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTtgtgtg < 2:174892/251‑1 (MQ=255) gTATTGCGATTACACCTTCAATAACCACAAAATGCCGTTTAAAGAGACGAGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGAGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGAGATGTGGCGGTCACAAT‑CTACCGG‑GTATTTTTTAAAcactttttttg > 2:27863/1‑241 (MQ=255) 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gTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGGCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTc < 2:184499/251‑1 (MQ=255) cGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGCTGTGGCGGTAAAAAA‑CTACCGG‑TTATTTTTTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGGT‑GCTTAttacccccactaatacctt > 2:342867/1‑233 (MQ=255) cGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATc < 2:74891/251‑1 (MQ=255) aCCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGGAACACA‑CTAACGG‑GTATTTTTTAAACCGTTTTTGTGAAA‑AAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCtttccttgcattatttc > 1:28936/1‑236 (MQ=255) cccTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGCTCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGGAACAAT‑CTACCGG‑GGTTTTTGTAAACCGTTTGTGTTAAA‑AAGGGGGG‑GCTTATGCCGCCCCTCTTTCCACCTTGCTTTTCATTTTTT‑TCCtt > 2:239026/1‑251 (MQ=255) gcACACGCAAAATCACAAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGGG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATTTTGCATGGCATTATTT‑CCCTTCTGtat > 1:305751/1‑251 (MQ=255) cacaCGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCGTGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGtata < 2:102056/251‑1 (MQ=255) gCAAAATAACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAAAAAA‑ATACCGG‑TTATTTTTTAAACCGTTTTTGTGAAA‑AAGGGGGG‑GATTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCCTGTCATTATTT‑CCCTTcctgatat > 1:334280/1‑240 (MQ=255) cACCATTATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGCTGATCCCGCTGCTTACTGTGTTCCTCATGCCCGTTGAAGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAAGAAC‑TTACCGG‑TTTTTTTGTAAAACGTTTGTGTGAAAACAGGG‑AG‑GCTTATTGCGCCCCTTTTTTCATCTTGCCTGTTATTATTT‑CCCttttttttttacagtatcat > 2:393949/1‑232 (MQ=255) 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catcatGCCCTTTGCCTTTTGTTGCGCGGCGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCTTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCAGTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTGCATACAGt < 2:349883/251‑1 (MQ=255) catcatGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGt < 2:124586/251‑1 (MQ=255) catGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAAAAAT‑CTACCGG‑GTTTTTTTTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GGTTTTTCCGCCCCTTATTCCATCTTTCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTTTATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGTGGGGGTATGCTTCCTGTTGTATCCCAATTTCCTACAGTTa > 1:237208/1‑250 (MQ=255) 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ggTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCt < 1:189332/248‑1 (MQ=255) ggTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCt > 2:189332/1‑248 (MQ=255) aaaCAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTAGGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGGGCGGGTATGCTACCTTTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGAGTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATc < 2:74696/250‑1 (MQ=255) aCAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGc > 2:146773/1‑251 (MQ=255) aaT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCAt > 2:127510/1‑251 (MQ=255) gg‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGACA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGACCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCTTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACg > 2:78375/1‑251 (MQ=255) g‑TTAGTTTGGAAACCGTTTGTTTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGTGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCAGGAGTAAGATTTTTGAAGATACCGCGCTGACTATCTGTCACACGCCGCTGGTTCGCTGGAATCTCTTCGGTAACgg < 2:365441/251‑1 (MQ=255) tttGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACGGACGc > 2:239759/1‑250 (MQ=255) tGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACGGACGCAtt > 2:36848/1‑251 (MQ=255) | TAGCCATCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAAT‑CTACCGG‑TTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAA‑CAGGGGTG‑GCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTT‑CCCTTCTGTATATAG‑ATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAA‑GGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACGGACGCATT > NC_000913/2531998‑2532492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |