| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,854,281 | A→G | L120L (TTA→TTG) | emrD → | multidrug efflux pump EmrD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,854,281 | 0 | A | G | 99.1% | 791.4 / NA | 223 | L120L (TTA→TTG) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (106/115); minor base T (0/2); total (106/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
CAACGTCCGTGAAGGGGCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGACCTTCAGTATGGCCCGCTGGATGCCGGAAACGCGTCCGGTCGATGCACCGCGCACGCGCCTGCTTACCAGTTATAAAACG > NC_000913/3854035‑3854527 | tCCGTGAAGGGGCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTTTCTACTGCCTTTCGAAGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGCTTTCCGACCACGTTGACCGCCGACCGGTGAACCTAGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACAGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGGACTTTGCcgcgcgct > 1:563967/1‑247 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |