Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,001,304 | 1 | . | G | 67.7% | 208.5 / 120.9 | 99 | coding (960/2259 nt) | xdhA | putative xanthine dehydrogenase molybdenum‑binding subunit XdhA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (18/14); new base G (42/25); total (60/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GGTAATAAACAGGATGTACTGGAAGAGCCAATGGCGGCATTCCTGACCAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑GGGGGGG‑‑‑AATAAAGTCGCTTACCTTTATCCTCGTTGTGCCTACGCTTACAGTTCAAAGACCTGCTATACCAACCTCCCCTCGGCTGGTGCGATGCGTGGTTATGGCGCGCCACAAGTCGTATTTGCCGTTGAGTCTATGCTTGATGACGCCGCGACAGCGTTAGGTATTGATCCTGTTGAAATTCGTTTACGCAACGCCGCCCGCGAAGGAGATGCTAATCCGCTCACGGGCAAACGTATTTACAGCGCAGGGTT > NC_000913/3001056‑3001552 | ggTAATAAACAGGATGTACTGGAAGAGCCAATGGCGGCATTCCTGACCAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑ggggggggg > 1:7640/1‑249 (MQ=255) aataaACAGGATGTACTGGAAGAGCCAATGGCGGCATTCCTGACCAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑gggggggggaat > 1:84489/1‑246 (MQ=255) ataaACAGGATGTACTGGAAGAGCCAATGGCGGCATTCCTGACCAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑GGGGGGG‑‑‑AATaa > 1:271686/1‑250 (MQ=255) aTGTACTGGAAGAGCCACTGGCGGCATTCCTGACCAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑GGGGGGGGG‑AATAAAGTCGCtt > 2:561210/1‑251 (MQ=255) gTACTGGAAGAGCCAATGGCGGCATTCCTGACCAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑GGGGGGGGG‑AATAAAGTCGCTTAc > 1:594609/1‑251 (MQ=255) tACTGGAAGAGCCAATGGCGGCATTCCTGACCAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑GGGGGGG‑‑‑AATAAAGTCGCTTACCtt > 1:910015/1‑251 (MQ=255) cTGGAAGAGCCAATGGCGGCATTCCTGACCCGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGCCGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCCTCGCTTCTGC‑‑gggggggggaatcaagtcagagcgga > 2:884414/1‑231 (MQ=255) aTGGCGGCATTCCTGACCAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTCGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAAACGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑GGGGGGG‑‑‑AATAAAGTCGCTTACCTTTATCCTCGTTGTGc > 2:734745/1‑251 (MQ=255) gACCAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑GGGGGGGG‑‑AATAAAGTCGCTTACCTTTATCCTCGTTGTGCCTAc > 2:621530/1‑242 (MQ=255) cAGCAAGCTTGGCGGCATTCCGGTGAAAGTTTCCCTTAGCCGTGAAGAGTGTTTCCTCGCAACCCGTACCCGCCACGCTTTTACCATTGACGGGCAAATGGGCGTGAACCGCGACGGAACATTGAAAGGTTATAGTCTGGATGTTCTGTCTAACACCGGCGCTTATGCATCTCACGGGCACTCCATCGCTTCTGC‑‑GGGGGGG‑‑‑AATAAAGTCGCTTACCTTTATCCTCGTTGTGCCTACGCTTACAGTTCa > 1:778000/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |