| Predicted mutation | ||||||
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| MC JC | NC_000913 | 4,279,050 | Δ82,373 bp | [ghxP]–[cadC] | 72 genes [ghxP], yjcE, yjcF, actP, yjcH, acs, ytcB, nrfA, nrfB, nrfC, nrfD, nrfE, nrfF, nrfG, gltP, yjcO, fdhF, mdtP, mdtO, mdtN, ytcA, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, alsR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnD, phnC, yjdN, yjdM, rdcA, rdcB, proP, pmrR, basS, basR, eptA, adiC, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, yjdI, yjdJ, ghoS, ghoT, lysU, dtpC, cadA, cadB, [cadC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4279050 | 4361422 | 82373 | 90 [0] | [0] 89 | [ghxP]–[cadC] | [ghxP],yjcE,yjcF,actP,yjcH,acs,ytcB,nrfA,nrfB,nrfC,nrfD,nrfE,nrfF,nrfG,gltP,yjcO,fdhF,mdtP,mdtO,mdtN,ytcA,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,alsR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnD,phnC,yjdN,yjdM,rdcA,rdcB,proP,pmrR,basS,basR,eptA,adiC,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,yjdI,yjdJ,ghoS,ghoT,lysU,dtpC,cadA,cadB,[cadC] |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 4279049 | 0 (0.000) | 88 (0.780) | 74/482 | 0.2 | 100% | coding (571/1350 nt) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| ? | NC_000913 | 4361423 = | 0 (0.000) | coding (512/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC | |||||
TACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGATGAAAACGGCAATTCACTGATTGGCAGCCTGGACATTATGGGCGCGCTGAATCCTGTAGTCCTGCCAAGCGTTCTGGCGCTGGTGATGACGGCAGTATTT > NC_000913/4278798‑4279288 | tACCTGTCGCGCTGGGAGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTc > 1:242842/1‑250 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gtgCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaccgacaacaggaaaaacaaccataccca > 2:452135‑M1/1‑215 (MQ=255) gtgCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaa < 2:521484‑M1/251‑37 (MQ=255) gtgCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGGAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccataccca < 2:489980‑M1/250‑36 (MQ=255) 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1:321174‑M1/1‑100 (MQ=255) gtgtCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtataggggggggcga > 1:524235‑M1/1‑91 (MQ=255) tCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGATGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggaagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaacgcctctggagtagggggaggggaagataactt > 2:472079‑M1/1‑84 (MQ=255) aTTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcgaagatagcattatttcc > 1:836834‑M1/1‑77 (MQ=255) 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2:399010‑M1/1‑7 (MQ=255) | TACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGATGAAAACGGCAATTCACTGATTGGCAGCCTGGACATTATGGGCGCGCTGAATCCTGTAGTCCTGCCAAGCGTTCTGGCGCTGGTGATGACGGCAGTATTT > NC_000913/4278798‑4279288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |