| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 403,205 | (T)7→8 | intergenic (+43/‑76) | phoA → / → psiF | alkaline phosphatase/phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 403,205 | 1 | . | T | 95.9% | 181.6 / 0.5 | 49 | intergenic (+43/‑76) | phoA/psiF | alkaline phosphatase/phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base T (29/18); total (29/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
GCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACGGGAACTCCGAAGAGGATTCACAAGAACATACCGGCAGTCAGTTGCGTATTGCGGCGTATGGCCCGCATGCCGCCAATGTTGTTGGACTGACCGACCAGACCGATCTCTTCTACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑T‑GCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAAACATGAAGAGGGATGGTGCTATGAAAATAACATTACTGGTTACCTTGCTTTTCGGTCTGGTTTTTTTAACCACCGTCGGCGCTGCCGAGAGAACTTTAACCCCACAACAACAGCGTATGACCTCCTGTAATCAGCAGGCGACGGCGCAGGCGTTGAAAGGGGATGCTCGTAAGACCTACATGAGTGATTGCCT > NC_000913/402959‑403453 | gCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACGGGAACTCCGAAGAGGATTCACAAGAACATACCGGCAGTCAGTTGCGTATGGCGGCGTATGGCCCGCATGCCGCGAATGTTGTTAGACTGACCGACCAGACCGAGCTCTTCTACACCATGAAATCCGCTCTGGTGCTGAAATAAAACCTCCCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGtt‑tttt‑ttgct < 1:605056/251‑5 (MQ=255) cccAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACGGGAACTCCGAAGAGGATTCACAAGAACATACCGGCAGTCAGTTGCGTATTGCGGCGTATGGCCCGCATGCCGCCAATGTTGTTGGACTGACCGACCAGACCGATCTCTTCTACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAAcc > 1:673777/1‑248 (MQ=255) ccAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACGGGAACTCCGAAGAGGATTCACAAGAACATACCGGCAGTCAGTTGCGTATTGCGGCGTATGGCCCGCATGCCGCCAATGTTGTTGGACTGACCGACCAGACCGATCTCTTCTACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGAc > 1:2394/1‑251 (MQ=255) ccAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACGGGAACTCCGAAGAGGATTCACAAGAACATACCGGCAGTCAGTTGCGTATTGCGGCGTATGGCCCGCATGCCGCCAATGTTGTTGGACTGACCGACCAGACCGATCTCTTCTACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGAc > 1:3223/1‑251 (MQ=255) 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2:212260/200‑1 (MQ=255) aTACCGGCAGTCAGTTGCGTATTGCGGCGTATGGCCCGCATGCCGCCAATGTTGTTGGACTGACCGACCAGACCGATCTCTTCTACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAAACATGAAGAGGGATGGTGCTATGAAAATAACATTAc > 1:365098/1‑251 (MQ=255) ccGGCAGTCAGTTGCGTATTGCGGCGTATGGCCCGCATGCCGCCAATGTTGTTGGACTGACCGACCAGACCGATCTCTTCTACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCCGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCCTACGCTCATGGTTTAAACATGAAGAGGGATGGTGCTATGAAATTAACATTACTgg > 2:621892/1‑251 (MQ=255) aggcagtTGCGTATTGCGGCGTATGGCCCGCATGCCGCCAAGGTTGTTGGACTGACCGACCAGACCGATCTCTTCTACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGGGAATTTTCGCGGCCGGGTGGTTGTTTT‑T‑GCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAAACATGAATAGGGATGGTGGTATGAAAATAACATTACTGGTTAcc < 2:569050/248‑1 (MQ=255) 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tctcTTCTACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAAACATGAAGAGGGATGGTGCTATGAAAATAACATTACTGGTTACCTTGCTTTTCGGTCTGGTTTTTTTAACCACCGTCGGCGCTGCCGAGAGAACTTTAACCCCacaacaac > 1:270336/1‑250 (MQ=255) tcttctACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAAACATGAAGAGGGATGGTGCTATGAAAATAACATTACTGGTTACCTTGCTTTTCGGTCTGGTTTTTTTAACCACCGTCGGCGCTGCCGAGAGAACTTTAACCCCacaacaaccgc > 2:874360/1‑248 (MQ=255) cttcaccacCAGGAAAGCCGCCCTGGGGCTAAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAAACATGAAGAGGGATGGTGCTATGAAAATAACATTACTGGTTACCTTGCTTTTCGGTCTGGTTTTTTTAACCACCGTCGGCGCTGCCGAGAGAACTTTAACCCCacaacaac < 2:2394/241‑1 (MQ=255) 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gCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAAACATGAAGAGGGATGGTGCTATGAAAATAACATTACTGGTTACCTTGCTTTTCGGTCTGGTTTTTTTAACCACCGTCGGCGCTGCCGAGCGAACTTTAACCCCACAACAACAGCGTATGACCTCCTGTAAt > 1:570319/1‑251 (MQ=255) ctGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAAACATGAAGAGGGATGGTGCTATGAAAATAACATTACTGGTTACCTTGCTTTTCGGTCTGGTTTTTTTAACCACCGTCGGCGCTGCCGAGAGAACTTTAACCCCACAACAACAGCGTATGACCTCCTGTAATcagc < 2:673777/249‑1 (MQ=255) ctGGGGATGAAATAAAACCGCGCACGGCAGAGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑TTGCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAACCATGAAGCGGGATGGTGCTATGAAAATAACATTACTGGTTACATTGCTTTTCGGTCTGGTTTTTTTCACCACCGTCGGCGCTGCCGAGAGAACTTTAACCCCACAACAACAGCGTATGACCTCCTGTAATcagc > 2:375886/1‑249 (MQ=255) 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GCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACGGGAACTCCGAAGAGGATTCACAAGAACATACCGGCAGTCAGTTGCGTATTGCGGCGTATGGCCCGCATGCCGCCAATGTTGTTGGACTGACCGACCAGACCGATCTCTTCTACACCATGAAAGCCGCTCTGGGGCTGAAATAAAACCGCGCCCGGCAGTGAATTTTCGCTGCCGGGTGGTT‑TTTT‑T‑GCTGTTAGCAACCAGACTTAATGGCAGATCACGGGCGCATACGCTCATGGTTAAAACATGAAGAGGGATGGTGCTATGAAAATAACATTACTGGTTACCTTGCTTTTCGGTCTGGTTTTTTTAACCACCGTCGGCGCTGCCGAGAGAACTTTAACCCCACAACAACAGCGTATGACCTCCTGTAATCAGCAGGCGACGGCGCAGGCGTTGAAAGGGGATGCTCGTAAGACCTACATGAGTGATTGCCT > NC_000913/402959‑403453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |