| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,922,994 | T→C | intergenic (‑554/+63) | atpI ← / ← rsmG | ATP synthase accessory factor AtpI/16S rRNA m(7)G527 methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,922,994 | 0 | T | C | 97.9% | 171.8 / NA | 47 | intergenic (‑554/+63) | atpI/rsmG | ATP synthase accessory factor AtpI/16S rRNA m(7)G527 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (25/21); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TTGCAAGTTTATGATATTTCAGTCTAAAAACAGATACTGTTTTAATAAATGACATTTACACAACAAAAACCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAGCGATTTCATCTTCCGGCATTTGCCCTTTCAGCGCGTAGAAACGGCCTTGCTCACCAGGA > NC_000913/3922752‑3923219 | ttGCAAGTTTATGATATTTCAGTCTAAAAACAGATACTGTTTTAATAAATGACATTTACACAACAAAAACCACCCATTGACATTTTTAATAATTTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATAGTTTCACTAATGACTTATTGTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCGTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGCAGAAAAc < 2:260724/250‑1 (MQ=255) 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2:449691/1‑250 (MQ=255) aTTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGCAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTACATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAAcc > 1:516055/1‑250 (MQ=255) aTTTTTAGCAGACTGAAATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGCAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGAtt < 1:546541/166‑1 (MQ=255) tttttAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGCAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAAt > 1:460588/1‑200 (MQ=255) tttttAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGCAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAAt < 2:460588/200‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |