| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 421,256 | A→G | T91A (ACC→GCC) | proY → | putative transporter ProY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 421,256 | 0 | A | G | 97.1% | 236.1 / NA | 68 | T91A (ACC→GCC) | proY | putative transporter ProY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (38/28); minor base T (1/1); total (39/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GTGGGCTAAGTACCCGCCACATACGCTTTATGGCACTGGGTTCAGCAATTGGCACCGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TACCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTTCGGCAT > NC_000913/421011‑421494 | gtgggtaaaGTCCCCGCCACATACGCTTTATGGCACTGGGTTCAGCAATTGGCACCGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAG‑TGCCGGc < 1:448733/244‑1 (MQ=255)gggggtaaagcccccGCCACATACGCTTTATGGCACTGGGTTCAGCAATTGGCACCGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGc < 1:215397/239‑1 (MQ=255)gTGGGCTAAGTCCCCGCCACATACGCTTTATGGCACTGGGTTCAGCAATTGGCACCGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGc < 1:25669/251‑1 (MQ=255)gTGGGCTAAGTACCCGCCACATACGCTTTATGGCACTGGGTTCAGCAATTGGCACCGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGc > 1:133481/1‑251 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aCCCGCCACATACGCTTTATGGCACTGGGTTCAGCAATTGGCACTGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACtt > 1:555853/1‑250 (MQ=255) cccGCCACATACGCGTTATGGCACTGGGTTCAGCAATTGGCACCGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTGc < 2:234794/251‑1 (MQ=255) ccGCCACATACGCTTTATGGCACTGGGTTCAGCAATTGGCACCGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACt > 1:601855/1‑248 (MQ=255) 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atatCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGAGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCtg > 1:248188/1‑251 (MQ=255) tATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCCCTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCg > 2:325879/1‑251 (MQ=255) cgcTGGGGGAAATGTCGGTACATATCCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAGCCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTa < 2:84558/251‑1 (MQ=255) 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gccgccAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGtt < 1:508654/251‑1 (MQ=255) ccgccAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTTC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGTTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTc < 1:396887/251‑1 (MQ=255) ctctTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTaa > 1:391875/1‑249 (MQ=255) 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ggCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGt < 2:170046/182‑1 (MQ=255) ggCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGt > 1:170046/1‑182 (MQ=255) gCAGGTTACAT‑TGCCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAAGTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGGTTCGGcat < 1:424581/251‑1 (MQ=255) | GTGGGCTAAGTACCCGCCACATACGCTTTATGGCACTGGGTTCAGCAATTGGCACCGGGCTGTTTTACGGTTCGGCAGACGCCATCAAAATGGCCGGTCCGAGCGTGTTGTTGGCCTATATTATCGGTGGTATCGCGGCGTATATCATTATGCGTGCGCTGGGGGAAATGTCGGTACATAACCCGGCCGCCAGCTCTTTCTCGCGTTATGCGCAGGAAAACCTCGGCCCGCTGGCAGGTTACAT‑TACCGGCTGGACCTACTGC‑TTTGAAATCCTTATTGTCGCCATCGCCGATGTGACCGCTTTTGGTATCTATATGGGTGTCTGGTTCCCGACGGTGCCGCACTGGATTTGGGTACTGAGCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTTCGGCAT > NC_000913/421011‑421494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |