| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 139,988 | 0 | A | . | 49.5% | 175.6 / 184.3 | 96 | coding (1238/2391 nt) | gcd | quinoprotein glucose dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/24); new base . (28/19); total (53/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTTTTCGCCGGAGCGTAAATAACTGGCACTTTCTGACCATTAACGGTGATGTCCGCCAGCGTCGGCTGTGCCGGAAGATCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGAACGGTCTGGTAGCTCCACGCCAGTTTCCCGGTAGTGGCATTCAGCGCCAGAATCGAGCTGGCATAACGTTCCTGTTCCGGTGTGCGGTTACCGCCCCAGATATCCGGCGTGGTCACGCCCATCGGCAGATAGACCAGATCCAGCTTCGCGTCATAGGCCGCTGGTGCCCAGGAGTTTGGCGAGTTAAAGGTAAAGGTGTGTTCGTCAGACGGGATTGCGTTCGGATCTTTCGCGCCGGGATCAAAAGCCCACAGCAGCTCCCCGGTGTTGACATCAAAACCACGGATCACGCCAGACGTTTCGCGGGTTGAGAAGTTATCGGTAACTGAACCGGCCATCACGATGGTTTTATCGGTGATAATCGGTGGCGAAGTCGGTTCATACAGACCC > NC_000913/139745‑140236 | gTTTTCGCCGGAGCGTAAATAACTGGCACTTTCTGACCATTAACGGTGATGTCCGCCAGCGTCGGCTGTGCCGGAAGATCCATGTCCCACAGGCCGTGGTGAACGGTCTGGTAGCTCCACGCCAGTTTCCCGGTAGTGGCATTCAGCGCCAGAATCGAGCTGGCATAACGTTCCTGTTCCGGTGTGCGGTTACCGCCCCAGATATCCGGCGTGGTCACGCCCATCGGCCGATAGACCAGATCC‑GCTTcgcg > 2:239006/1‑251 (MQ=255) tttCGCCGGAGCGTAAATAACTGGCACTTTCTGACCATTAACGGTGATGTCCGCCAGCGTCGGCTGTGCCGGAAGATCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGAACGGTCTGGTAGCTCCACGCCAGTTTCCCGGTAGTGGCATTCAGCGCCAGAATCGAGCTGGCATAACGTTCCTGTTCCGGTGTGCGGTTACCGCCCCAGATATCCGGCGTGGTCACGCCCATCGGCAGATAGACCAGATCCAGCTTCGCGt > 1:296693/1‑251 (MQ=255) tCGCCGGAGCGTAAATAACTGGCACTTTCTGACCATTAACGGTGATGTCCGCCAGCGTCGGCTGTGCCGGAAGATCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGAACGGTCTGGTAGCTCCACGCCAGTTTCCCGGTAGTGGCATTCAGCGCCAGAATCGAGCTGGCATAACGTTCCTGTTCCGGTGTGCGGTTACCGCCCCAGATATCCGGCGTGGTCACGCCCATCGGCAGATAGACCAGATCCAGCTTCGCGTc < 2:191802/250‑1 (MQ=255) tCGCCGGAGCGTAAATAACTGGCACTTTCTGACCATTAACGGTGATGTCCGCCAGCGTCGGCTGTGCCGGAAGATCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGAACGGTCTGGTAGCTCCACGCCAGTTTCCCGGTAGTGGCATTCAGCGCCAGAATCGAGCTGGCATAACGTTCCTGTTCCGGTGTGCGGTTACCGCCCCAGATATCCGGCGTGGTCACGCCCATCGGCAGATAGACCAGATCC‑GCTTCGCGTCAt > 2:318039/1‑251 (MQ=255) 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cAGCGTCGGCTGTGCCGGAAGATCCATGTCCCACAGGTCGCGGTGAACGGTCTGGTAGCTCCCCGCCAGTTTCCCGGTAGTGGCATTCAGCGCCAGAATCGAGCTGGCATAACGTTCCTGTTCCGGTGTGCGGTTACCGCCCCAGATATCCGGCGTGGTCACGCCCATCGGCAGATAGACCAGATC‑GGCTTCGCGTCATAGGCCGCTGGTGCCCAGGAGTTTGGCGAGTTACAGGTAAAGGTGTGTTCGTc > 1:82424/1‑251 (MQ=255) aGCGTCGGCTGTGCCGGAAGATCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGAACGGTCTGGTAGCTCCACGCCAGTTTCCCGGTAGTGGCATTCAGCGCCAGAATCGAGCTGGCATAACGTTCCTGTTCCGGTGTGCGGTTACCGCCCCAGATATCCGGCGTGGTCACGCCCATCGGCAGATAGACCAGATCC‑GCTTCGCGTCATAGGCCGCTGGTGCCCAGGAGTTTGGCGAGTTAAAGGCAAAGGTGTGTTCGTc > 2:374818/1‑250 (MQ=255) tCGGCTGTGCCGGAAGATCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGAACGGTCTGGTAGCTCCACGCCAGTTTCCCGGTAGTGGCATTCAGCGCCAGAATCGAGCTGGCATAACGTTCCTGTTCCGGTGTGCGGTTACCGCCCCAGATATCCGGCGTGGTCACGCCCATCGGCAGATAGACCAGATCCAGCTTCGCGTCATAGGCCGCTGGTGCCCAGGAGTTTGGCGAGTTAAAGGTAAAGGTGTGTTCGTCAGAc > 1:158516/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |