| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,279,050 | Δ82,373 bp | [ghxP]–[cadC] | 72 genes [ghxP], yjcE, yjcF, actP, yjcH, acs, ytcB, nrfA, nrfB, nrfC, nrfD, nrfE, nrfF, nrfG, gltP, yjcO, fdhF, mdtP, mdtO, mdtN, ytcA, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, alsR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnD, phnC, yjdN, yjdM, rdcA, rdcB, proP, pmrR, basS, basR, eptA, adiC, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, yjdI, yjdJ, ghoS, ghoT, lysU, dtpC, cadA, cadB, [cadC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4279050 | 4361422 | 82373 | 56 [0] | [0] 55 | [ghxP]–[cadC] | [ghxP],yjcE,yjcF,actP,yjcH,acs,ytcB,nrfA,nrfB,nrfC,nrfD,nrfE,nrfF,nrfG,gltP,yjcO,fdhF,mdtP,mdtO,mdtN,ytcA,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,alsR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnD,phnC,yjdN,yjdM,rdcA,rdcB,proP,pmrR,basS,basR,eptA,adiC,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,yjdI,yjdJ,ghoS,ghoT,lysU,dtpC,cadA,cadB,[cadC] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4279049 | 0 (0.000) | 54 (0.760) | 48/490 | 0.3 | 100% | coding (571/1350 nt) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| ? | NC_000913 | 4361423 = | 0 (0.000) | coding (512/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC | |||||
CCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGT‑GTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAATTTATAGCCGCGCTTTGGTACAGTAGCGATAT > NC_000913/4361174‑4361669 | ccctgtcgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcAt < 1:311200‑M2/2‑1 (MQ=255) tgcgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatgtctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaaccctcttgatggtctgcgctttgcgctgggtgactgcgcgaccgccccggtgagtatcactggtaggtcATAc < 2:295456‑M2/4‑1 (MQ=255) cgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTaa < 1:560789‑M2/8‑1 (MQ=255) cgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTa < 1:493824‑M2/7‑1 (MQ=255) gcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttactgtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAAc < 1:464513‑M2/9‑1 (MQ=255) gctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccgcgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGa < 1:322681‑M2/11‑1 (MQ=255) gggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGacaa < 1:181897‑M2/14‑1 (MQ=255) gggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGaca > 1:216748‑M2/238‑250 (MQ=255) gggtgccgtgttcctgatgggtgtgctggttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgctcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcatttccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactgctaggtcATACCTAACGacaa < 2:265177‑M2/14‑1 (MQ=255) ggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGacaac > 1:466833‑M2/237‑251 (MQ=255) gccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggttattaaaaacccgcttgctggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAgg > 1:17368‑M2/234‑251 (MQ=255) gccgtgttactgatgggtgggctgtttccggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAgg > 2:348892‑M2/234‑251 (MQ=255) gttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGaaaa > 1:232810‑M2/229‑250 (MQ=255) gatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagcttgattttgcgcaacgtgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAAc < 2:482300‑M2/27‑1 (MQ=255) cggggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCAt > 1:151138‑M2/222‑251 (MQ=255) gggtgttctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgttgctggattttgcgcatcttgcctcccggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaccggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATa < 2:340157‑M2/31‑1 (MQ=255) ctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCaaa > 1:501676‑M2/213‑249 (MQ=255) gtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttacgaaacttgcatcacggtgtggagcacggcacggggattggtatcggtctgatcctgctgctcattgacgctaacggtgtcggcatggtgattaaaaacccgcttgatggtctgccagttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACACAAAAgg > 1:251105‑M2/211‑250 (MQ=255) ttacggtaatttctcccacgggtatccgtcgctggattttgcgcaacttgcctaacggtgtggcgcacggcccggggcttggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacacgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtcggtcATACCTAACGACCACAGGAATAACTACCATACCCAAAGggtcg > 2:590375‑M2/209‑249 (MQ=255) ttacgggcatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtcggttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccggtgcgctgggtgatttcgcgccctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTa < 2:475262‑M2/42‑1 (MQ=255) acggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGt < 2:471536‑M2/44‑1 (MQ=255) gtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAAt > 1:446145‑M2/204‑251 (MQ=255) ttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgctttatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATGCCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGtt < 2:400379‑M2/52‑1 (MQ=255) tcctgccacgggtatccgtagctggattgtgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattgggatcggtctgttcctgctgctcagtgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatgggctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCACACCCAAAAGGTAGTGAATCGtt < 2:266986‑M2/52‑1 (MQ=255) cacgggtatccgtagctggattttgcgcaactggcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCtttt < 1:452424‑M2/59‑1 (MQ=255) gcgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTa < 2:471901‑M2/60‑1 (MQ=255) gggtttccgtagctggattttgcgcaactttcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtttctgtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAAc < 1:23919‑M2/62‑1 (MQ=255) cgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtgtcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTGTTAACTGGGGAt < 2:370568‑M2/69‑1 (MQ=255) 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cggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGT‑GTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAAACGCCTCTGGTCTAGGGGGAGGCGGAGAt > 2:38272‑M2/88‑249 (MQ=255) ctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGT‑GTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCatt > 2:400159‑M2/84‑251 (MQ=255) ggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGT‑GTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCCCTGGGATTGGGGGAGGCGAAGATAGCcttat > 2:305042‑M2/82‑251 (MQ=255) gattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGT‑GTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTc > 1:76053‑M2/79‑251 (MQ=255) ctgcccgttgccctgggtgctttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGT‑GTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGCACCGCCTCTGGTATTGGGGGAGGCGAAGATAGAATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCgctggtc > 2:537105‑M2/57‑248 (MQ=255) gtgattgtcactggtaggtaATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGT‑GTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAATTTATAGCCGCGCttt > 1:451659‑M2/21‑251 (MQ=255) cacgggtagatcaTACCTAACCACAACAGAAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGATGCTTTTGCTTTTAACGGGGGTTTGTTAAGGTGGC‑TTGGGGTTGTTTTAAATTTTAAGATGGGGGGAGGGAGATTTGGGGGAAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTGCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAATTTATAGCCGCGCTTTGGTACAGt < 1:38272/239‑1 (MQ=255) gtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGT‑GTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAATTTATAGCCGCGCTTTGGTACAGTAGCGatat > 1:302072‑M2/4‑250 (MQ=255) | CCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGT‑GTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAATTTATAGCCGCGCTTTGGTACAGTAGCGATAT > NC_000913/4361174‑4361669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |