| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,466,090 | 0 | C | T | 53.2% | 17.9 / 83.0 | 62 | pseudogene (699/2518 nt) | ydbA | putative outer membrane protein, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/3); new base T (20/13); total (46/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAACAGAAAAAACGTTAACTATTCGCGATTCAGTTTTTACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTG‑ATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATTGA‑TATCACCGGTGACAGCGCGACGGTGGATAACAAGGGCACCATGACCGTCACCGATCCGGAGTCCATGGGTATCCAGATCGACGGTGACAAGGCCATCGTCAATAACGAAGGCGAGAGCACCATCACCAACGGTGGCACCGGCACC > NC_000913/1465840‑1466336 | aaaCAGAAAAAACGTTAACTATTCGCGATTCAGTTTTTACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAaccacc < 1:268354/251‑1 (MQ=255) cAGAAAAAACGTTAACTATTCGCGATTCAGTTTTTACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGtt < 2:149914/251‑1 (MQ=255) tATTCGCGATTCAGTTTTTACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTcc > 1:19068/1‑250 (MQ=255) gcgATTCAGTTTTTACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGt > 1:237687/1‑251 (MQ=255) 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gATTCAGTTTTTACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACTGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTAc > 1:312483/1‑251 (MQ=255) ttttACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTGTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATc < 2:456743/250‑1 (MQ=255) gagaATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACTGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACgg > 1:381248/1‑251 (MQ=255) 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1:476795/1‑251 (MQ=255) aaTGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACTGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTG‑ATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAgcgg > 1:161957/1‑251 (MQ=255) gATTAATCTTTGCCAGCCTGATGAAACGCCTACCCCTGCTGCCCTTGACCGGGCGAGCGCAGTTGGCGCCCCGAAGTGGCAATATACTCACACCGGCGAGCTTGTTCTTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCCAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCCACGGTAATCCCGGGACAGTG‑ATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGACCACGGGATTg > 2:458016/1‑251 (MQ=16) tgatgaAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACTGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTG‑ATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATTGA‑TATCACCGGTGACAgc < 2:113754/250‑1 (MQ=255) 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aTGGCAAAACAACCGTTGACGGAAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTG‑ATTCAGGGCGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATTGA‑TATCACCGGTGACAGCGCGACGGTGGATAACAAGGGCACCATGACCGTCACCGATCCGGAGTCCATGGGTATCCAGATCGACGGTGACAAGGCCATCGTCAATAACGAAGGCGAGAGCACCATCACCAACGGTggc > 1:370781/1‑251 (MQ=255) ggCAAAACCACTGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTG‑ATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATTGA‑TATCACCGGTGACAGCGCGACGTTGGAGAACAAGGGc < 1:383538/150‑1 (MQ=255) ggCAAAACCACTGTTGAAGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTG‑ATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATTGA‑TATCACCGGTGACAGCGCGACGGTGGATAACAAGGGc > 2:383538/1‑150 (MQ=255) aaaCCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTG‑ATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGCATTGA‑TATCACCGGTGACAGCGCGACGGTGGATAACAAGGGCACCATGACCGTCACCGAGCCGGAGTCCATGGGTATCCAGATCGACGGTGACAAGGCCACCGGCACTAACGAAGGCGAGAGCACCACCACCACCGGTggcacccgc > 2:260066/1‑248 (MQ=18) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |