| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,279,050 | Δ82,373 bp | [ghxP]–[cadC] | 72 genes [ghxP], yjcE, yjcF, actP, yjcH, acs, ytcB, nrfA, nrfB, nrfC, nrfD, nrfE, nrfF, nrfG, gltP, yjcO, fdhF, mdtP, mdtO, mdtN, ytcA, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, alsR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnD, phnC, yjdN, yjdM, rdcA, rdcB, proP, pmrR, basS, basR, eptA, adiC, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, yjdI, yjdJ, ghoS, ghoT, lysU, dtpC, cadA, cadB, [cadC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4279050 | 4361422 | 82373 | 38 [0] | [0] 36 | [ghxP]–[cadC] | [ghxP],yjcE,yjcF,actP,yjcH,acs,ytcB,nrfA,nrfB,nrfC,nrfD,nrfE,nrfF,nrfG,gltP,yjcO,fdhF,mdtP,mdtO,mdtN,ytcA,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,alsR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnD,phnC,yjdN,yjdM,rdcA,rdcB,proP,pmrR,basS,basR,eptA,adiC,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,yjdI,yjdJ,ghoS,ghoT,lysU,dtpC,cadA,cadB,[cadC] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4279049 | 0 (0.000) | 36 (0.640) | 35/488 | 0.4 | 100% | coding (571/1350 nt) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| ? | NC_000913 | 4361423 = | 0 (0.000) | coding (512/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC | |||||
TGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGC > NC_000913/4361181‑4361629 | gcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAAc < 2:53544‑M2/9‑1 (MQ=255) gggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGacaa < 2:102508‑M2/14‑1 (MQ=255) gccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAgg > 2:96365‑M2/234‑251 (MQ=255) gatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgctttatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCa < 1:117381‑M2/29‑1 (MQ=255) atgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcgtgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgagtgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCAt < 1:206420‑M2/30‑1 (MQ=255) gtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATAccc < 1:106835‑M2/34‑1 (MQ=255) gtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCa > 2:170632‑M2/216‑250 (MQ=255) gctgtttacggtaattgctgccacgggtagccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCaaaa < 2:188000‑M2/38‑1 (MQ=255) gtgtacgttaatttctgccgcgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacgtggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgctacctccccggttattgtcacgggtaggtcATACCTAACGACAACAGCAAAAAAAACCATACCCAAAAGGt < 2:199484‑M2/41‑1 (MQ=255) ttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgtccctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatgtcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTa < 2:382655‑M2/42‑1 (MQ=255) cggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggagtggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATCCCCAAAAGGTAGTGa < 1:480683‑M2/46‑1 (MQ=255) atttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt < 1:31929‑M2/51‑1 (MQ=255) gccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTg < 2:255176‑M2/54‑1 (MQ=255) gtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTg < 2:116844‑M2/64‑1 (MQ=255) ccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGa < 1:340620‑M2/68‑1 (MQ=255) cgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGAt < 1:340956‑M2/69‑1 (MQ=255) gggattgtgcgtaacctggctcacggtgtggcccacggcacgggggttggtatcgtgctgttcctgcggcgcattgccgcgaacggggtcggtctggggattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgaccgccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCa < 2:158240‑M2/75‑1 (MQ=255) gcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCg < 1:388201‑M2/82‑1 (MQ=255) gcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTg < 1:146856‑M2/85‑1 (MQ=255) 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cacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTACCTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg > 2:400360‑M2/156‑250 (MQ=255) acggtgtggtgcacggaaaggggattggtcccggtctgttcctgctgctcgttgccgctacaggagtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATAACTAACGACCACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTg > 2:445934‑M2/155‑239 (MQ=255) acggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctcccctgtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACATGAAAAAAAACCATACCCAAAATGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTg < 1:445934‑M2/85‑1 (MQ=255) cacggcacggggattggtatcggtatgttcccgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGCTTGTTCCGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACtg > 2:23031‑M2/144‑251 (MQ=255) gggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAATCCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggaggga < 2:194340‑M2/117‑1 (MQ=255) tggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggggatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAACCAACCATACCCAAAAGGCAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATc > 1:281582‑M2/130‑251 (MQ=255) ggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGCGGGAGAATCt > 2:271172‑M2/129‑251 (MQ=255) gtatcgggctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACGACAGGAAAAAAAACCATGCCCAAAAGGTAGTGAATCTTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGTCGTTGCTGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCtg < 1:23031‑M2/124‑1 (MQ=255) acggtgtcggtctggtgattacaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctacccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATTTTAAGACTGTGGGAGGGAGATTCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCg > 2:286064‑M2/95‑251 (MQ=255) gtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGa > 1:22792‑M2/92‑249 (MQ=255) gatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGCAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCg > 1:347356‑M2/63‑251 (MQ=255) atggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGc > 1:289255‑M2/62‑251 (MQ=255) cgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACcaggt > 1:100350‑M2/52‑249 (MQ=255) ctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAACGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGc > 1:234263‑M2/45‑251 (MQ=255) | TGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGC > NC_000913/4361181‑4361629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |