New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3495085 | 109 (1.940) | 3 (0.050) | 3/488 | 3.9 | 4.3% | coding (1075/2544 nt) | nirB | nitrite reductase (NADH) large subunit |
? | NC_000913 | = 3803485 | 26 (0.460) | coding (653/1080 nt) | waaB | UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑1, 6‑D‑galactosyltransferase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAACTGGTGCTGAACGCTATCGAACTGCCGGAAAACCCGGATT‑CCCTGATCCTGCCAGCACACTCGGGTAGCGGCAAGCCGTCTATCGGTGTTGATAAACTGCCGGACAGCGCGCAAATCTGCTCCTGCTTCGACGTCACCAAAGGTGATCTGATTGCTGCCATCAACAA > NC_000913/3494836‑3495332 | atccaCGCCATCAGTGAATGAGCAAGCTGGAACATCCGTGTATTTGGTCTGGTAGCAACTGGCTACAAAATGGCGCAGGTGGCCGTTGACCATATTGTCGGTAGCGAGAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTGAGCGCCAAGCTGAAGCTGCTGGGCGTAGACGTAGGCAGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTGTACCTCGACGAAAGGAAAGAGATCTACAAACGcc < 2:17744/246‑1 (MQ=255) cTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCACGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCCGGCGCACGTAGCTACGGTTACATCGCCGAAAGAAAAGAGCTCTACAAACGcccg > 2:346743/1‑248 (MQ=255) aCGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCt < 1:16328/247‑1 (MQ=255) aCGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGAAGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGAtt > 1:61620/1‑251 (MQ=255) ccagcGGTGAATGCTCATGCTGGTACAACCGTGGATGTGGTCTGGTTGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGTCCATATTCTCGGTAGCGAAATCGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCTGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCGCGACGAAAGTAAAGAGTTCTTCAAACGCCTGATTGTc < 2:65494/247‑1 (MQ=255) aTCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTc > 1:95718/1‑249 (MQ=255) gTGAATGCGCAAGCTGGAACCACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGa > 1:177260/1‑250 (MQ=255) aaGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACaaa > 1:396772/1‑250 (MQ=255) gtaacaacCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCCCAGGTCGCCGTTGTCCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACCGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTGCAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAATCCCTg < 2:6125/249‑1 (MQ=255) ggAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCt < 2:124159/250‑1 (MQ=255) ggAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCt < 1:40237/250‑1 (MQ=255) ggAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTg < 2:362979/251‑1 (MQ=255) gAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGc > 2:74652/1‑251 (MQ=255) acaacCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTGGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTc < 2:396772/251‑1 (MQ=255) acaacCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCAGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCCCGGAGCTACGTTTACCTCGACGACAGTAAAGATATCTACAAAAGCCTGAATGTCAGCGaaatacacaaaaccatgctc > 2:247982/1‑233 (MQ=255) aacCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGCGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCgg > 1:84353/1‑251 (MQ=255) gggtATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTATCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGGTTTCGTCGTCGAGAGTAAAGAGATCTGCAAATTCCGGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCg < 1:451108/249‑1 (MQ=255) gtATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTGGCCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGTAGACAACAAAGCCCTGCTCGGTGCGGt < 2:473369/251‑1 (MQ=255) ttGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATGGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACt < 1:404072/250‑1 (MQ=255) ggTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAACCGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGACAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGCATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACtggt > 1:40436/1‑251 (MQ=255) tCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACtggtgg > 1:358048/1‑251 (MQ=255) aGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGCAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGAt > 1:38929/1‑250 (MQ=255) gCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATAc > 1:244711/1‑251 (MQ=255) cACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATAcc < 2:261866/251‑1 (MQ=255) ggCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTCTTGGTGATGCGCAAGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTACGCGAATACAACAAAACCCTGCTCGGTGAGGTACTGGTGGTGGATACCAgggc > 2:235258/1‑248 (MQ=255) 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ggTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGGGCGGTACTGGTGGGCGATACTATCGACTACGGTAACCtgctgc < 2:50213/251‑1 (MQ=255) ggTCGCCGTTGACCATAGTCTCGGGAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGGTGTCCTTAGCGCCAAGCGTAAACTGCTGGGCGTAGGCGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTAACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTTGCAGCGAAGACAACGAAACCCTGCTCGGTGCGGTACGGGTGGGCGAGCCCAGCGACTACGGTAGCCggctgc < 2:463554/251‑1 (MQ=255) gCCGTTGACCATATTCTAGGTAGCGAACACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAACt > 1:138794/1‑251 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |