New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1136588 = | 81 (1.440) | 4 (0.070) | 4/484 | 3.5 | 5.6% | coding (315/1098 nt) | flgI | flagellar P‑ring protein |
? | NC_000913 | = 3515037 | 55 (0.990) | coding (23/678 nt) | rpe | ribulose‑phosphate 3‑epimerase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCGGGAATACCCTTAATTTGCAA > NC_000913/1136338‑1136837 | ttCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGAtgtg > 1:263282/1‑251 (MQ=255) aTCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTATCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGtt > 1:170504/1‑251 (MQ=255) tctcACCAGTGTTCAGGGGGAAAGGCAAAACTCACTGCTTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACCCAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTACGACGGGCACCAATATGCAGCTAACAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGttt > 1:276487/1‑251 (MQ=255) cACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTttctt > 1:162339/1‑251 (MQ=255) gtgtTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATg > 2:242393/1‑251 (MQ=255) gtTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATgg < 2:465455/250‑1 (MQ=255) gggTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGcc > 1:374866/1‑251 (MQ=255) gttaGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGTCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAATCCATCGATGTGGTTGTTTCTTCCAGGGGAAATGCCaa < 1:372056/248‑1 (MQ=255) gTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGGCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCaa < 2:425765/251‑1 (MQ=255) aaGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCaaa > 1:54106/1‑250 (MQ=255) aaGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCaaa > 1:192878/1‑250 (MQ=255) aaGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCaaa < 1:257868/250‑1 (MQ=255) aGGCAAAACGCACTGATTGGCTGTGGTCTGGTGTTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTTCCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACTTCGGGGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGTGGCAATCCATCGAGGTGGTGGTTTTGTCCATGTGAAATGCCAAAAg < 2:216902/251‑1 (MQ=255) 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agtGGCTCTGGTGTGGTGGTGGGGCTGGAGGGCAACGGGGACCAGACAACCCAGACGGCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCGCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGTGCACGAAGATGCAGCTAAAAAACGGCGCGGCGGTAATGGTGACAGCGTGAGGTCCGCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAAGCAGGGATGGGGTGGTTTGTGCCAGGGGAAATGCCAAAAGCTGGCGTGGAGGTAc < 2:453040/249‑1 (MQ=255) ggCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGGGGAGGTACgtt > 2:3588/1‑251 (MQ=255) ggCTATGGTCGGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACgtt < 2:139244/251‑1 (MQ=255) tATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACgttgtt > 1:319755/1‑251 (MQ=255) aTGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAAGTACCGTGCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCGGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTGCCTCCGTTTGGACGTCAGGGTCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACTttgttg < 2:78798/251‑1 (MQ=255) aTGGCACCGGTGACCAGACAACTCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTGAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTGCCGACGGGCACCAATAGGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGGCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGtt < 2:403808/251‑1 (MQ=255) 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tAATGGTGACCGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTCGCAGTGTTCCGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCACCCATGGGGCGGtt > 2:377149/1‑251 (MQ=255) gACAGCGTCACTTCCTCCGGTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGGGGTGGTTTCTGCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCGGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAAc < 1:303919/251‑1 (MQ=255) cacgtcctccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACGTGAAtt < 2:54106/246‑1 (MQ=255) 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cAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGATTCTTCCATGGGACATGCCAACAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGCCCCCGCTTACGGGCGTTGCCCGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCCGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGCGCCTCCGCTGGCGGTCGCCGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCCACAATGGAGCGGTTATTGACAGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCgg > 2:75316/1‑251 (MQ=255) gggggCAAACCATCGATGGGGTGGTTTCTGCCAGGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGGTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTGGGCGGCGCAGGAGCCGCCGCTGGCGGTAGCAGGGTTCAGGTTAGCCA‑GTTGAACGGTGGACGGGTCATGAATGGTGCGGTTATTGAACGCGAATTGGCCAGCCAGGTGGGCGTCggg < 2:471931/250‑1 (MQ=255) aGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCggg > 2:94413/1‑251 (MQ=255) ggCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCGGGAAt > 2:134801/1‑251 (MQ=255) gaaaCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCGGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGGTAATGAACGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCGGGAATAc < 1:189718/250‑1 (MQ=255) ggggtgttTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGGACGTTGTTGATGACACCGCTTAATGGCGTTGACAGTCAGGTGTATTCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCGCCAATGGTGCGGTTATTGAACGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCGGGAATACCCTTAATTTGCa < 2:263282/249‑1 (MQ=255) gggtggtTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCGGGAATACCCTTAATTTGCaa < 2:47942/250‑1 (MQ=255) | TTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGTCTGGTGGTGGGGCTGGATGGCACCGGTGACCAGACAACCCAGACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCA‑ACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCGGGAATACCCTTAATTTGCAA > NC_000913/1136338‑1136837 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |