| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,279,034 | Δ2 bp | coding (556‑557/1350 nt) | ghxP → | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,279,033 | 0 | T | . | 100.0% | 188.9 / NA | 40 | coding (555/1350 nt) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (16/24); total (16/24) | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,279,034 | 0 | A | . | 97.5% | 181.4 / ‑3.4 | 40 | coding (556/1350 nt) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (16/23); minor base G (0/1); total (16/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGATGAAAACGGCAATTCACTGATTGGCAGCCTGGACATTATGGGCGCGCTGAATCCTGTAGTCCTGCCAA > NC_000913/4278783‑4279256 || ggCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAtt > 1:69081/1‑251 (MQ=255) atTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTgg < 1:444877/251‑1 (MQ=255) aGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAg < 2:384030/251‑1 (MQ=255) gTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTc < 2:339242/251‑1 (MQ=255) gTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGGGGT‑‑TGTCACTGGTAGGTc > 2:12441/1‑251 (MQ=255) gcgcTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaac < 2:53544‑M1/251‑10 (MQ=255) gggTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaa < 2:102508‑M1/251‑15 (MQ=255) gCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacagg > 2:96365‑M1/1‑233 (MQ=255) gATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTTATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaacca < 1:117381‑M1/251‑30 (MQ=255) aTGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCGTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGA‑‑GTGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccat < 1:206420‑M1/251‑31 (MQ=255) 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ccGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactgggga < 1:340620‑M1/251‑69 (MQ=255) cGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggat < 1:340956‑M1/251‑70 (MQ=255) gggaTTGTGCGTAACCTGGCTCACGGTGTGGCCCACGGCACGGGGGTTGGTATCGTGCTGTTCCTGCGGCGCATTGCCGCGAACGGGGTCGGTCTGGGGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCGCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttca < 2:158240‑M1/250‑76 (MQ=255) 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aCGGTGTGGTGCACGGAAAGGGGATTGGTCCCGGTCTGTTCCTGCTGCTCGTTGCCGCTACAGGAGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCataactaacgaccacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttg > 2:445934‑M1/1‑154 (MQ=255) aCGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCTGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacatgaaaaaaaaccatacccaaaatgtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttg < 1:445934‑M1/239‑86 (MQ=255) cacggcacggGGATTGGTATCGGTATGTTCCCGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggcttgttccggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactg > 2:23031‑M1/1‑143 (MQ=255) gggATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaatccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggaggga < 2:194340‑M1/251‑118 (MQ=255) tGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGGGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaccaaccatacccaaaaggcagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatc > 1:281582‑M1/1‑129 (MQ=255) ggTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggcgggagaatct > 2:271172‑M1/1‑128 (MQ=255) gTATCGGGCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacgacaggaaaaaaaaccatgcccaaaaggtagtgaatcttttgcttttaactggggattgttcaggtgtcgttgctgtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctg < 1:23031‑M1/251‑125 (MQ=255) aCGGTGTCGGTCTGGTGATTACAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTACCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactgggggttgttcaggtggcgttgcggtgttttgaattttaagactgtgggagggagattctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcg > 2:286064‑M1/1‑94 (MQ=255) gtgtCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcga > 1:22792‑M1/1‑91 (MQ=255) gATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggcagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcgaagatagcattatttcctctccctcttcttcg > 1:347356‑M1/1‑62 (MQ=255) aTGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcgaagatagcattatttcctctccctcttcttcgc > 1:289255‑M1/1‑61 (MQ=255) cGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcgaagatagcattatttcctctccctcttcttcgctgtaccaggt > 1:100350‑M1/1‑51 (MQ=255) cTGGGTGATTTCGCGACCTCCCCGGTGAT‑‑TGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaacggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcgaagatagcattatttcctctccctcttcttcgctgtaccagataaccggc > 1:234263‑M1/1‑44 (MQ=255) || GGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGATGAAAACGGCAATTCACTGATTGGCAGCCTGGACATTATGGGCGCGCTGAATCCTGTAGTCCTGCCAA > NC_000913/4278783‑4279256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |