| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,025,673 | 0 | A | T | 29.4% | 99.1 / 15.7 | 51 | L441F (TTA→TTT) | xanQ | xanthine:H(+) symporter XanQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/27); new base T (15/0); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.10e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCACGACCATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATAACCCGGAAGAGATTGCCTCTGCGCTGCGGTTTATTGAGGATGGTTTATTACTCATTAAACAGGGAAAAGTGGAATGGTTTGGCGA > NC_000913/3025429‑3025920 | tcACGACCATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATGTTATTaa < 1:551650/249‑1 (MQ=255) cACGACCATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGGTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAAGTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAata < 1:478452/251‑1 (MQ=255) cATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTAtcc > 1:234181/1‑251 (MQ=255) cATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCGCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTAtcc < 2:682841/251‑1 (MQ=255) aTTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTAtcct < 2:162922/251‑1 (MQ=255) cAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑GTAAATGCG‑GTTTTTTTAAATATTATCCTCCCtgggggg > 2:413761/1‑247 (MQ=255) ggAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTCTTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGAG‑ATTTTTTTAAAtattattttccccgggggcgaccgccc > 2:32670/1‑230 (MQ=255) 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aTCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAaga < 1:640774/251‑1 (MQ=255) gCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGAt < 1:472518/251‑1 (MQ=255) aGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATgg < 1:158794/251‑1 (MQ=255) ggATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACTCTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGAt < 1:672523/251‑1 (MQ=255) aTTCGCATCCTCATCACAACCGGTTTAAAGCCCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTTACTTCG‑CTTTTTTTATAAATTTTTCTCCCTGGGGGGTACCGACCGG‑AAAAACTTCTGGCTGGTATTTCCTCCCCGGGAGAGATgggttt > 2:431918/1‑247 (MQ=255) cGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATGTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTGCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACa < 2:464012/251‑1 (MQ=255) atcatcatcACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACCTTG‑AATTTTTTTAATATTTTTCTCCCCGGGGGCGACCGCCAGG‑AAAACGTTTTTCCTGGTTTTAACTCCGCGGGGGAGATgggggtaaagt > 2:39558/1‑241 (MQ=255) catcatcaCCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTTACTGGGGATTTTTTTAAA‑ATTATTCTCCCCTGTGGGTACCCACAGG‑GAAACGTTTTGCCTGGGTTTTCCTCAGCGGCAGCGATGGGATAACAGTaa > 2:535135/1‑250 (MQ=255) atcatcaCCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAg < 2:653788/251‑1 (MQ=255) atcaCCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAg < 1:32670/251‑1 (MQ=255) agcaCCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAg < 1:315509/249‑1 (MQ=255) ccAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACTGTAAAGGAGTCaa < 1:606270/251‑1 (MQ=255) cAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCGCTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAATCCCTATTTGTGCGGGCGGT‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGGTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGAGTAACAGTAAAGGAGTCAat < 1:431918/251‑1 (MQ=255) aaaGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTGGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGGATTGCCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAg < 1:39558/250‑1 (MQ=255) aaGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTGCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGga < 1:648491/251‑1 (MQ=255) cgcCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGACATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑GTAACAGCG‑GTTTTATTAAATATTATCCTCCCCGGTGGGTACCGACAGG‑AAAACGTTCTTCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTTACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGgagg > 1:326957/1‑249 (MQ=255) ccGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑GTTACTGTG‑GTTTTTTTAAAAATTATCCTCCCTTGTGGGTACCCGCAAG‑AAAACGGTCTGCCTTGTTTTAACTCAGCCGAAGAGAATGTTTTACAGTAAAGGAGGCAatgagtttaggaggac > 2:420203/1‑238 (MQ=255) cacTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTTTTTAATATTATCCTCCCCGGGGGCTTCCGACCGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCCGCGGAAGAGATGGAGTAAAAGATAAGGAGTACATGATGTCAGGGGaaaaaccgtta > 2:519788/1‑241 (MQ=255) aTTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTTCG‑ATTTTTTTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑GAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCg > 1:9649/1‑251 (MQ=255) gTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTa < 2:9649/251‑1 (MQ=255) gTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGGGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑AGTTTATGAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGTAGAACACACGTTAAAAGCGGt < 1:342599/250‑1 (MQ=255) 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1:576096/1‑146 (MQ=255) gATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTc < 2:576096/146‑1 (MQ=255) atatTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATAACCCGGAAGAGATTGCctct < 1:195278/251‑1 (MQ=255) cgatgtATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATAGTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGAGGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGGTGTCACCCGGGCGATCGATAACCCGGAAGAGATTGCCTCTGCGCTGCGGttt < 1:686948/245‑1 (MQ=255) 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aCTGCG‑ATTTTATTCAATCTTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGACGAGATGGCTTAACAGTACAGGAGTCCATGCTGTCAGGAGAAAACACGTTAACAGCGGTACGCGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATAACACGGAAGAGATTGCCTCTGCGCTGCGGTTTATTGAGGATGGTTTATTACTCATTAAACAGGGAAAAGGGGAATgg > 2:506696/1‑251 (MQ=255) ttattaAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATAACCCGGAAGAGATTGCCTCTGCGCTGCGGTTTATTGAGGATGGTTTATTACTCATTAAACAGGGAAAAGTGGAATGGTTTGGCGa < 2:405074/250‑1 (MQ=255) | TCACGACCATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCGCCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCGAAATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGG‑TTAACTGCG‑ATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGG‑AAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATAACCCGGAAGAGATTGCCTCTGCGCTGCGGTTTATTGAGGATGGTTTATTACTCATTAAACAGGGAAAAGTGGAATGGTTTGGCGA > NC_000913/3025429‑3025920 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |