| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,308,903 | 0 | A | G | 32.9% | 105.2 / 48.8 | 87 | C8R (TGT→CGT) | nlpI | lipoprotein NlpI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/16); new base G (13/13); total (50/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCAGCGCTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAA‑GACCAC‑GGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTG‑CTAACAAGGCGTCC‑TGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCAC > NC_000913/3308657‑3309149 | ccAGCGCTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACATGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAg < 2:337135/251‑1 (MQ=255) gcTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACGCCAGCGCa > 1:83927/1‑250 (MQ=255) cTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGACCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAACCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAGCGCaa > 1:626371/1‑250 (MQ=255) ttGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAGCGCaaa > 1:591057/1‑250 (MQ=255) aaaaatctttcttctcTAATTCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACCCCGCGCTCATATAACAGCTGTCCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACACCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAC‑C‑GAAACACCAGCGCaaaaaggct > 1:736658/16‑247 (MQ=255) aaaaTCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAGCGCAAAAAAGGCt > 1:8586/1‑251 (MQ=255) cGTTTCGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCGGAATCACTTCCTGCTGTAAATTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATACTGCGA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAGCGCAAAAAAGTCTTCAtt < 2:98182/251‑1 (MQ=255) aCGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGGGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTccc < 1:501020/251‑1 (MQ=255) cTCAGAACGAGCCTATCATACAACAATACGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAACGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑AACTTTTAACCCAGGAAGT‑ATTACTGCTTCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GCAACGCAAGCGCAAAAAAGCCTTCATTTCCCACTCCCGCA‑GAcc > 2:643475/1‑251 (MQ=255) cAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAA‑GACCAc < 1:622322/251‑1 (MQ=255) aGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAA‑GACCAC‑g > 1:142003/1‑251 (MQ=255) gACCGAGACTATCATACAACACTCCGCTCTCATATAAAAGCGGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCTCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑TAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAA‑GACCAC‑gg < 2:719706/251‑1 (MQ=255) cGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACGCCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAA‑GACCAC‑GGTtg < 2:105021/251‑1 (MQ=255) 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cATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACGCCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAA‑GACCAC‑GGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTG‑Ct < 1:605990/249‑1 (MQ=255) cATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGAAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAA‑GACCAC‑GGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTG‑CTa > 1:372050/1‑250 (MQ=255) atatAAACGCTGGGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACACCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTT‑CACTTTTACGCCAGGCAGT‑ATTACTGCATCCTGCAA‑GCGTAAGTGCTGTCGCAA‑C‑GAAACGCCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAA‑GACCAC‑GGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTG‑CTAAc > 2:246418/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |