| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,278,657 | T→C | V60A (GTT→GCT) | ghxP → | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,278,657 | 0 | T | C | 98.6% | 220.7 / ‑6.6 | 71 | V60A (GTT→GCT) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (31/38); total (33/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑TTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGC > NC_000913/4278425‑4278903 | ggATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑GTT‑AAAA‑TTTCACAACCTGGGAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTTT‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CCTCGTCGTTCCCGGTATGTTGGG‑TAAAACAGGCTTCCCGCCTGCGGCGG‑CTTTCGTTGCaaactttct > 1:222481/1‑244 (MQ=255) gATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTAAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCAATCGGCGCCTGGCTTC‑AAAA‑TTTC‑CAACGTGGGAGCCCTTTCCGTCAGGAAGTGG‑GTGCCGGGTTAACAACGTTTTTTGGC‑CTGGGCTACTCGGTTCA‑CGTTGTTCCACGGATGTTGGG‑GACACCAGGGTTTCCGACCGCGGCAG‑CTTTCTTTTCAACCTGTCTg > 1:538335/1‑251 (MQ=255) gCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCCCAAACTGGGAGCACTGTCCGTCCGGAAGGGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGGGCTGGGCTACTCGGT‑CATCGTCGTTTCCGGGATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTCCGGCAG‑GCTTCGTTGCAACCTGTCTGGGTGctgg > 1:97072/1‑248 (MQ=255) ccGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTAAGGGGATGTTTTCTTATGTCGCCGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACACCGTGGAAGCCCTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCGAAGGTCTACTCGGT‑AATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAATAAGGTTGCCCTCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACt < 1:52372/250‑1 (MQ=255) cGCATCTTGACGAAAATTAAACTCCCAGGGGAGTTTTTCTTATTTCTGCGCCACCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGGGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCG‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAGGCGGGTTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTTCTGGACTc < 2:224152/251‑1 (MQ=255) aCGAAAATTAAACTCTCAGGGGAGGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCGAGGGTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTGGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATc < 2:97072/251‑1 (MQ=255) gggggATGTTTTCTTATGTCCACGCCATCAGCGCGTCCCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGTGGAAGCACTGGCCGTCAGGAAGGGG‑TTGCCGTGTTAACAACGTTTCT‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CATCGGCGGCCCAGGTATGTGGGG‑TAAACCAGTCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCAGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGc < 2:538335/250‑1 (MQ=255) gggATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGCCGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTg < 1:146081/215‑1 (MQ=255) ttCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCTCCACCCGG‑TTTTAACT‑TTTCCCAAC‑TGGCAGCCCTGTCCGTCCGGAAGGGG‑TTTCCGGGGTAACAACGTTTCT‑TGCGCGGGTCTTCACGGT‑CATCCTCGTTCCCGGGATGTTGGG‑TAAAGAAGGCTTTCCGCCCGCGGGCG‑CTTTTGTTGCCACCCGTCTGGTTGCTGGGCCCGGTTCTTTCGTGATGGGTCTGTggggttatttggcg > 2:373857/1‑240 (MQ=255) ttCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCGATGTTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGcc < 1:109632/250‑1 (MQ=255) tCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTTACCTTACGCCTGG‑CTT‑AAAA‑TTTTACAACGTGGAAGTACTTTCCCTCAGGGAGGGG‑GTGCAGGGTTAACAACGGTTCT‑GGCGGTGGGCTTCTCGGG‑CATCGTCGTTTCAGGTATTTTGGGGTAACGC‑GGCTTCCCGCCTGTGGGAGCTTTTC‑TTGCGACCTGTCTGGTTTCTGGGCCCGGGTCTTTCGTGATGGGTCTGTggggcacacctccgg > 1:77131/1‑239 (MQ=255) cTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGCCGCCTGG‑GTT‑AAAA‑TTTCACAACGTGGGAGCACTGTCCGTCCGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGGATGTTGGG‑GAAAGCAGGCTTCCCCCCTGCGGCCG‑CTTTCGTTGCAACCCGTCTGGGTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGAtagattggaagggcacacgtctgg > 1:194898/1‑227 (MQ=255) cTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCG‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGAt < 2:194898/227‑1 (MQ=255) 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catcgccgctgacggggggTTCACTCGCCGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGGGAAAGCACGGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCTATGGTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTGGGG‑TAACGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACGCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTgc < 2:7533/234‑1 (MQ=255) cccGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCt < 1:373857/250‑1 (MQ=255) ccGGCGTTTCACTCGACGCCTGT‑TTA‑AAAA‑TTTCACAACGGGTAAGCACTGTCGGTCAGGAATTGG‑TTGCGGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CATCTTCGTTCCAGGTATGTTGGT‑TAAAGCAGTCTCCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCGGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTTTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTg < 1:265868/251‑1 (MQ=255) 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tCGGT‑CATCGTCGTTACAGGAATGTTGGG‑TAAAGCAGACTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTCTCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCCTCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAAAATCTTAGCGTACCTTTCGCGCTGGGTGCCGAGTTCCCGATGGGTGTGCTGATTACGGTATTTTc > 2:53514/1‑251 (MQ=255) ggT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATTTGCCAATGGCGATTGGTTGCGCGATTTCCTTGACGGCGTTTACCGCATTCAGTCTGGTACTCGGGCAACAAATTAGCGTTCCTGTCGCACTGGGCGCGGTATTTCTGATgggcgtcatcttcaccgccatttccg > 2:3793/1‑228 (MQ=2) cgtcgtTCCAGTTATTTTGGG‑AAAGGCTGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATAGTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACg < 2:384197/250‑1 (MQ=255) 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ggCTTCCCGCCTGCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCTTAGCTGGATTTTGCGCAACtt < 1:180879/251‑1 (MQ=255) gCGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGgtgt < 2:148948/251‑1 (MQ=255) cGGCAG‑CTTTCGTTGCAACCTCTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGTGGGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTCTCCGTAGATGGATTTTGCTCAACTTGCCTCGAGGtgtg > 2:425179/1‑251 (MQ=255) 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GGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGG‑TTT‑AAAA‑TTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACGTTTCT‑GGCGATGGTCTACTCGGT‑CATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAG‑TTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGC > NC_000913/4278425‑4278903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |