| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/77); new base G (27/2); total (39/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGTATGGTTATCGGTGCTTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTC‑ACTCTATTTCG‑AAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGG‑TCAA‑TCCACAGCCGTGG‑TTGGGAAGATAAGTTTTGTTTCCATTTCGTCGTAACGTTCTTGCATTT‑GCCGCTCTGTTGGCGCTCTCCTCCCCCGTACTTGCTGGCAAACTTGCCATCGTCA‑TTGATGATTTTGGGTATCGCCCGCACAACGAAAACCAGGTGCTGGCGATGCCTTCCGCTATCTCCGTCGCTGTATTACCCGAT > NC_000913/3787776‑3788271 | gCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGTATGGTTATCGGTGCTTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTc < 1:218405/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |