| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,278,682 | C→T | A68A (GCC→GCT) | ghxP → | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,278,682 | 0 | C | T | 98.5% | 225.4 / NA | 65 | A68A (GCC→GCT) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (30/34); minor base G (1/0); total (31/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAA‑T‑TTCACAACG‑TGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGG > NC_000913/4278444‑4278927 | ttGAAGAAAATTAACCCCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTCCGGGCGGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAA‑T‑TTCACAACG‑TGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGTTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTc < 2:68375/250‑1 (MQ=255) cGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGGGTTAAAA‑T‑TTCACAACG‑TGGGAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTTCCGGGTTAACAACGTTTTTGGCGATGGTCTACTCGGTCCCCGTCGTTCCCGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGGTGCTGGGCTCGGTTCTAttg > 1:43167/1‑249 (MQ=255) aaaaaTTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTCCGCCACCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAA‑T‑TTCACAACG‑TGGAAGCATTGTACGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACCCGGTCATCGTCTTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGt < 1:487921/250‑1 (MQ=255) ttCTTATGTCTACGCCACCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAT‑T‑TTCACAACG‑TGGAAGCACTGTCCGTCAGGGATTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTGTGGCGTTGGTCTACCCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCGGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGcc < 2:458646/250‑1 (MQ=255) atgttttcGCCATCCGCTCGTCCCGGCGGTGCACTCGACGCCGGGTTTAAAA‑T‑GTCACAACG‑GGGAAGCCCTGTCCGTCAGGAGGTGGTTGCCGGTTTAACAACGTTTCTGGCGAGGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGTTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGc < 2:408154/244‑1 (MQ=255) aTGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCCACGCCCGGGTTAAAC‑T‑TTCCCAACGCGGGAAG‑ACTGTCCCTCAAGAAGTGGTTGGCGGGGTTACAACGCTTCTTGCGATGGGTTACTCCGTCCTCGCCGTTTCCGGGATGGTTGGTAAAGAAGGCTTTCCCCCCGCGGCAGCTTTCGTTGCAAACTGTCTGGTTTTGTGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTATTCTGCCgcttgg > 2:426515/1‑246 (MQ=255) tgtttACGCCATCAGCGCGTCCCGGCGGTTCACTCGACGCCGGTTTTAAAA‑T‑TTCACAACG‑TGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTTTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGc < 2:406339/246‑1 (MQ=255) 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gCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACg < 2:192843/251‑1 (MQ=255) cTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCCCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGCAGCTGGATTTTGCGCACCTTGCCTCACggg > 2:561190/1‑250 (MQ=255) gCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGgtgt < 2:484986/251‑1 (MQ=255) gCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACCTGCCTCACGgtgt > 1:11042/1‑251 (MQ=255) gCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGgc < 1:422022/251‑1 (MQ=255) ctttCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGCTGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGCTTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCgcac > 2:260762/2‑251 (MQ=255) ccTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGAtt < 1:216867/251‑1 (MQ=255) cTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTAt > 1:423570/1‑251 (MQ=255) ggTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATc < 1:42910/250‑1 (MQ=255) gTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTCTCgg > 1:510078/1‑251 (MQ=255) | TTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAA‑T‑TTCACAACG‑TGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGG > NC_000913/4278444‑4278927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |