| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,449,779 | G→A | S35S (AGC→AGT) | rpsC ← | 30S ribosomal subunit protein S3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,449,779 | 0 | G | A | 97.8% | 305.1 / NA | 90 | S35S (AGC→AGT) | rpsC | 30S ribosomal subunit protein S3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (29/58); total (29/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACG‑TACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGATGTGGCTGGTGCGCTTCAGGATGCGATCTGCACGACCTTTTGCACGCGGCATAATGCGCTTCATGCTCGGGCCTTCGTCTACGAAAATTTTCGTAACTT > NC_000913/3449537‑3450025 | aCCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACG‑TACTTTAAAATCACTGTCCAg < 1:291797/251‑1 (MQ=255) ccAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGT‑TATGGGTAAACGGATGCTATTAGCCGGACGCCAGATAACGATACGAGAATCGGACGCTTTCCTCAGTTCCTTCGTCCGGAACTGACGGTA‑TTTAACATCACCGTCCAGGt > 2:22803/1‑251 (MQ=255) cAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACG‑TACTTTAAAATCACTGTCCAGGt > 1:383224/1‑251 (MQ=255) aGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACG‑TACTTTAAAATCACTGTCCAGGtt < 2:225949/251‑1 (MQ=255) gTTTTGAGTCCCTTTCAGGCTTACGAACTTCAGCGATGTTGATCTGTACAGGAAAGCCAGAGGAGTCCACTACGAAATTACGCGGTTTTTCTACGTATTCACATTTTTTACCGAAACCGCTACCCGAGCTCGAAGTGTAAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTAAGTTACTGACG‑TACTTTAAACTCACTGTCAAGGTTg > 2:492409/1‑251 (MQ=255) gCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACG‑TACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGc < 1:191336/251‑1 (MQ=255) gTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAAAGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGCTAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACG‑TACTTTAAAATAACTGTCCAGGTTGTCAGCg > 1:374803/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |