| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,308,995 | 0 | T | A | 25.8% | 126.1 / 12.1 | 62 | intergenic (‑71/+38) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polynucleotide phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/15); new base A (0/16); total (31/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTTCACTTTTACGCCAGGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGG‑CTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTG‑AATGAAC‑GTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTCCTGACCCATCTGCAGGTAATCGGTCACTTTCTCAACGCGTTTGTCAGCGATTTGAGAGATGTGGACCAGACCTTCTTT > NC_000913/3308750‑3309236 | cATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGAGTTGTTCCATACGGGCCAGAATCACGTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTTCACTTTTACGCCAGGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGGCGCAACGAAACGCCAGCGCAAAAAAGG‑CTTCATGTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTG‑AAAGAAC‑TGCCTGTTCCCGGTTGCGAACAAGGCGTCCTGCCCGCTTaaaa < 2:227519/250‑1 (MQ=255) aTCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTTCACTTTTACGCCAGGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGG‑CTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTG‑AATGAAC‑GTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑Gc < 1:127198/251‑1 (MQ=255) ttAAAGCCCGACTAGCCAGGGTTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTTCACTTTTACGCCAGGAAGAATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCCACGAAACACCAGCGCACAAAAGG‑CTTCATTTCCCACTCCCGCAGAACACGGTTC‑AATGAAC‑GTCCTGTTCCCGCTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑Gcccccc > 2:46314/1‑251 (MQ=255) aaaGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTTCACTTTTACGCCAGGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGG‑CTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTG‑AATGAAC‑GTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCccgc > 1:561797/1‑251 (MQ=255) aaGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTTCACTTTTACGCCAGGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGG‑CTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTG‑AATGAAG‑GTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGGCCTGCCCGGTTAAAA‑TCCCgccgcc < 1:409542/251‑1 (MQ=255) tGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTTCACTTTTACGCCAGGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGG‑CTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTG‑AATGAAC‑GTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCGCCGCAGCgg > 1:487800/1‑249 (MQ=255) cgtgccaaaagctctgcctgtggTAAAGGCGGTTGCAATGGTCCCGGGAGGATTTCACTTTTCCGCCAGGAAGGATTACGGAATCCGGCAAGGGTAAGTGTGGTCACAACGAACCCCCGGCGAAAAAAAGG‑TTTCTTTCCCCACCCCCGAAGACCACGGTTA‑AATGAAC‑GTCGTGGCCCCGGTGGCAAACAAGGCGGCCTGCACGTTAAAAA‑CCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTc < 2:494788/229‑1 (MQ=255) 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gtttGCTAACAAGGCGCCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCGCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTGCACCGGTACTTCCTGACGCAGCTGCAGGTAAGCGGTCACTTTCTCAACGCGTTTGTCAGCGATTTGAGAGAt < 1:67382/249‑1 (MQ=255) ggTTGATAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAACC‑GCCCCACGCCGCAGCGGCGGGCACATGGCCACCTTACTCGCACTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCAGGTGCTGCAGCAGGTTGAGCCTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGCCGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCCGAACTTTCACCGGTACTTCCTGACCCATCTGCAGGTAATCGGACACTTTCTCACAGCGTTTGTCAGCGATTTgtg > 2:230636/1‑245 (MQ=255) aacagggcccccggCCCGGTAAAAA‑CCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTGCCTGACCCATCTGCAGGTAATCGGTCACTTTCTCAACGCGTTTGTCAGCGATTTGAGAGATGTGGAcc < 2:564958/238‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAC‑GCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTCCTGACCCATCTGCAGGTAATCGGTCACTTTCTCAACGCGTTTGTCAGCGATTTGAGAGATGTGGAcc > 2:501034/1‑248 (MQ=255) aaGGCCTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCGCCTCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGTCCTGTTCAGCAGCGGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGAGCATCTTCGAGATCTTGCACCGGTGCGTCCGGACGCATCTGCAGGTAAGCTGTCTCTTTCTCAACGCGTTTGTCAGCGATGTGAGAGATGTGGACCAGa < 1:367726/251‑1 (MQ=255) agggcacccgCCCGGTTAAAAAGCCCCCCGCCGCATCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGTATACTGCCCTGTCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTCCTGACCCATCTGCAGGTAAGCGGTCACTTTCGCAACGCGGTTGTCATCTATTTGAGAGGTGTTCACCAGa < 2:247206/242‑1 (MQ=255) gCGTCCCGCCGGGTAAAAA‑GCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGTAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTGTCACCGTTACTTCCTGACCCATCTGCAGGTAATCGGTCACTTTCTCAACGCGTTTGTCATCGATTTGAGATATGTGGACCAGACct < 2:213499/251‑1 (MQ=255) gTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCCAATGGCACCCTTACTCGCCCTGTTCAGAAGCCGGAGATTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTCCTGACCCATCTGCAGGTAATCGGTCACTTTCTCAACGCGTTTGTCAGCGATTTGAGAGAtg > 1:348437/1‑237 (MQ=255) tGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTCCTGACCCATCTGCAGGTAATCGGTCACTTTCTCAACGCGTTTGTCAGCGATTTGAGAGATGTGGACCAGACCTTCttt > 1:142814/1‑250 (MQ=255) | CATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTTCACTTTTACGCCAGGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGG‑CTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTG‑AATGAAC‑GTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTCCTGACCCATCTGCAGGTAATCGGTCACTTTCTCAACGCGTTTGTCAGCGATTTGAGAGATGTGGACCAGACCTTCTTT > NC_000913/3308750‑3309236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |