| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,551,293 | 0 | T | A | 27.7% | 97.1 / 14.9 | 48 | Y145F (TAT→TTT) | yfeZ | putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/6); new base A (0/13); total (28/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTGTTCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAAAACGCCAGCACCGCCGGAATGCCAGGAAT > NC_000913/2551043‑2551531 | ttGTTCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑At > 1:149923/1‑251 (MQ=255) tGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCGCTGCGCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTGAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCGGTTGTTTAGTCAATAA‑CGTTGCGTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAAc < 1:234949/250‑1 (MQ=255) gCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCCCCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCAACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACa > 2:510470/1‑250 (MQ=255) gTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGAtt > 2:429114/1‑251 (MQ=255) cACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCCCGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGCACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCACAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTca‑gc > 2:483187/1‑251 (MQ=255) cACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGcc < 1:438908/251‑1 (MQ=255) ccGCCCTGCTCCCTCACTTGGGTGGACGACCCAACCCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCATTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCa < 2:200768/250‑1 (MQ=255) cccTGCTCGCTCCCTTTGGTGGACGACCCAAACCAGGTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGAt < 2:207025/251‑1 (MQ=255) aCTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCCCGGGTTAACGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGCGGCACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATCGCGAATAACATTAAACGCAGCGTTTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGCGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAat > 1:348291/1‑251 (MQ=255) ggtggACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCg > 1:25182/1‑251 (MQ=255) ggtggACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCg > 1:380579/1‑251 (MQ=255) ccAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTAcc > 2:197538/1‑249 (MQ=255) aaaCCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGCACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTCCTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAc > 2:484233/1‑200 (MQ=255) aaaCCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAc < 1:484233/200‑1 (MQ=255) aaaCCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAgcg > 2:312767/1‑251 (MQ=255) ggctagccgcccaCCAGTTAACTGACGACCTCGTGAAACAGCA‑GGA‑CAGAATCAATGGCCTAGCGCCTAAAATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCCATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑CTTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATAA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAACCCGATACCg > 2:249590/13‑251 (MQ=255) gTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCCGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATACAAACAA‑GCGCGT‑AACC‑GTCGATTGGTCA‑GAAGCCAGATTA‑ACGACA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGc > 1:362471/1‑251 (MQ=255) gcggcaacacAGTAAACTGACAACACCGTAGAA‑AGCCCGGG‑CAGCATTAATGGCATAGGGCATAACATAAAACGCAGCGTTTTCATGTCACTTCCTTGGGTTATTAAAAAA‑CGTTGTTTGGAGTGAAATTTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTTTTTTTCTTC‑AAAAAAACAA‑CCGCGT‑AAAC‑GTCGATGGGTCA‑GCAGCAAGATTA‑ACGCGA‑AAATT‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAAc < 1:504218/242‑1 (MQ=255) gaaGACCAGTAAACTGACGCCATCGTGGAACAGC‑‑GGTGCAGCATCAATGGCATAGCGAATAACATTAACCGCAGCGATTTCATGTCCCTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTTTTTTACTGC‑AAAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTGGTGTGGTCA‑GCAGCAAGATTA‑CCGCCG‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGa < 1:365244/249‑1 (MQ=255) tAACGGACGACATCGGGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCAAAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGAAAATTCACAAAAAAGTGCCTTT‑ATTCTTTTACTTC‑AAAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑CCGCCA‑AAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGtt < 1:312767/250‑1 (MQ=255) ggacaccatgggggAACGGCC‑GGT‑CACCATCAATGTCAGAGCGCAAAACATAAAACGCATCGTTTTCAGGTCACTTCCTTGGGTTATTCATAAA‑CTTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGCGCCGTT‑ATTTTTTTTCTTA‑AAAAAAACAA‑GCCCTT‑AAAC‑GGCGATTGGGCA‑GCAGCCAGATTA‑CCCCCA‑CAAGA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTcagcc < 2:380579/239‑1 (MQ=255) ggAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGCGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCAA‑CAATA‑ACCGCCACTACCAGCGCAAGACCGATACCGCTAACGGATTCAcc > 2:333101/1‑231 (MQ=255) 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aaaCGCAGCGCTTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGaa > 1:178998/1‑250 (MQ=255) aaCGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCTATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGaaa > 1:368717/1‑250 (MQ=255) gtcgcTTCCTTTGGTTATTCAATAC‑CGTTGCTTGGAGTGAAAATCCACAAAAAAGTGCCTTT‑ATTCTTTTCCTTC‑AAAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACCCCA‑AAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAg < 1:408289/246‑1 (MQ=255) cccctcttttGGTTATTAAATAA‑CTTTGCTGGGAGTG‑AAAATCAAAAAAAAAGGCCGTTTATTTTTTTACATA‑AAAAAAAAAA‑CCGGAA‑AAAC‑GTCAATTGGTCA‑GCAGCCAGAT‑A‑ACCCCAACAAAA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGt < 2:75780/243‑1 (MQ=255) cTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCg > 1:313551/1‑251 (MQ=255) tCCTTTGGTTATTCAACAA‑CGTTGCTTGGCGTGCAAATTCACCACAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATACCAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCCCGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCCCCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCg > 2:344808/1‑249 (MQ=255) 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aaTAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCccgc > 2:368308/1‑251 (MQ=255) aa‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCACCAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGAGCGCGGACACGTAGCccgccg > 2:3414/1‑250 (MQ=255) aa‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCccgccg > 2:123641/1‑250 (MQ=255) 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TTGTTCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCC‑GGT‑CAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAA‑CGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTT‑ATTCTTTTACTTC‑ATAAAAACAA‑GCGCGT‑AAAC‑GTCGATTGGTCA‑GCAGCCAGATTA‑ACGCCA‑CAATA‑TCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAAAACGCCAGCACCGCCGGAATGCCAGGAAT > NC_000913/2551043‑2551531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |