| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB5–insA5 | insB5, insA5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503 | 1979278 | 776 | 19 [0] | [1] 20 | insB5–insA5 | insB5,insA5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 19 (0.310) | 18/470 | 1.3 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 family protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA5/uspC | IS1 family protein InsA/universal stress protein C | |||||
CAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAA > NC_000913/1979044‑1979521 | cccggtaaaaaataattagcattagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACtttt < 1:186019‑M2/16‑1 (MQ=255) 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2:441685‑M2/51‑148 (MQ=255) ataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGAt < 1:441685‑M2/98‑1 (MQ=255) gcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCATTACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCacaaca > 2:436921‑M2/46‑250 (MQ=255) gcgtgatgaagatcacccaaaacactcaattacttaccataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATATCACTCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACCGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTCTTTTTAAACAGACACTTACCGCacaaca > 2:362139‑M2/46‑250 (MQ=255) 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CAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAA > NC_000913/1979044‑1979521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |