New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 196074 | 77 (1.210) | 3 (0.050) | 3/478 | 3.7 | 3.3% | coding (398/858 nt) | cdsA | CDP‑diglyceride synthetase |
? | NC_000913 | = 3441098 | 99 (1.580) | coding (578/621 nt) | rpsD | 30S ribosomal subunit protein S4 | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGAATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCAGAGCGGCTTTCACGCGAGACTGCTTCTTCGCTTTCTCACGAATGCTTACAACGTCATTCGGACTAACCTGATAAGAAGCGATGTTAACAACACGACCGTTTACCATAATTGCTTTATGGCTAACCAGCTGACGTGCTTCTGCACGAGT > NC_000913/3440853‑3441348 | aaCCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGAATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATAGCAACCAGTCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGcagac < 1:90236/251‑1 (MQ=255) 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cAACCCGGCATCGATGAGAGCAGAATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCg < 2:445530/251‑1 (MQ=255) aaCCCGGCATCGATGACAGCAGAATACGCCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCgg > 1:463420/1‑251 (MQ=255) ggCATCGATGAGAGCCTCATACGGCGCCGTTCGTTACCCAGATTATTGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTGGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATAACAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTTCTCGCGTTGGTACTAAGTTTTACTTTGAGTAAATCTCTACGATCAGGTGTTCGTCAATGTCGGCAGACATAGCAGAACGCTCCGGcgtcc < 2:377055/251‑5 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |