| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,278,682 | C→T | A68A (GCC→GCT) | ghxP → | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,278,682 | 0 | C | T | 98.6% | 250.4 / NA | 71 | A68A (GCC→GCT) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (31/39); minor base G (1/0); total (32/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGT > NC_000913/4278445‑4278922 | tGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTGCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGtt < 1:86009/248‑1 (MQ=255) cGAAAATTAAACTCTCAGTGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCTACGCCTGGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTTTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGTTCATCGTCGTTCCAGTTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCTTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCg < 1:387055/251‑1 (MQ=255) acctctCAGGGAATGTTTTCTTATGCCTCCCCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAGGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTCCTCGGTCATCGTCGTTCCAGTTATGTTGGG‑TAAAGCAGGTTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTc < 1:27533/249‑1 (MQ=255) acgctcAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCTGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCGGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCt < 2:153397/248‑1 (MQ=255) 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cAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAAc > 1:375662/1‑251 (MQ=255) ggCTTCCCGCCTGCGGCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCGGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGGCGCGCTGGGTGCCGTGGTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGTTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATGTATCGCAACtt < 2:35123/251‑1 (MQ=255) agctttcgatacAACCTGACTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTCTGGGCTAATATGCCGTTGGCGATTGGCTGCGCCATCTCCCTGAAAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACATGTCGAGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTCTCCGTAGCTGGCTTTTGCGCAACTTGCCTCACGGGGTGgcgc > 2:638997/12‑251 (MQ=255) gctttCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGTTTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGgcgcc > 1:11715/3‑250 (MQ=255) cGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGGACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAGCTTGCCTCACGGTGTGGCgcacggc < 1:481503/250‑1 (MQ=255) cAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGCGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTCCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGAGTGGCGCACGGCACgggg > 1:74633/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) | TGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCTGGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGT > NC_000913/4278445‑4278922 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |