| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,278,657 | T→C | V60A (GTT→GCT) | ghxP → | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,278,657 | 0 | T | C | 98.7% | 245.8 / NA | 76 | V60A (GTT→GCT) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (33/42); minor base G (1/0); total (34/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACG‑TTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTT > NC_000913/4278411‑4278888 | gTTTAGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGAACCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACG‑TTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTc < 2:510756/251‑1 (MQ=255) tCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACG‑TTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCT‑GCAGCTTTCGt < 1:535664/250‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGGGGATTGTCCGACACGCATCTGGACGAAAATTAACCTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGTCGGTTCACTCGACGCCT‑GGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACG‑TTTCTGGCGGGGGTCTACTCGGTCATCGTCTTTCCAGGTATTTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTg < 1:676527/251‑1 (MQ=255) tGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGGTTTCTCGACCCCTTGTTTTTAAATTT‑ACAAAGTGGGAG‑CACTGTCCGTCCGGGAGTGGGTTTCGGGGTTAA‑ACCG‑TTTCTGTGGCGGGGCTTCTCCGTCCTCGCCGTTCCCGGTATGTTTGG‑TAAAGCAGGCTTCCCCCCCGCG‑GGCGCTTTCGTTggt > 2:70824/1‑248 (MQ=255) 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tGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGCTGGGTGTGCTg > 2:176650/1‑251 (MQ=255) ggCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGATGCAACCTGTCTGGTTGct > 1:459067/1‑93 (MQ=255) gCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGT‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGtt < 1:148646/251‑1 (MQ=255) gATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTTATGGGTGTGCTGtttc > 2:23232/1‑250 (MQ=255) tCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGt > 1:647298/1‑250 (MQ=255) cTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑CAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGCCTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGGGTGCTGTTTACGGTa > 2:268880/1‑250 (MQ=255) ccgtccATCTTCGTTCCAGGTAGGTTGGG‑TAAGGCAGGCTGTCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTTCCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTc < 2:133861/246‑1 (MQ=255) 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tCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTTCCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTGCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATc < 1:599358/250‑1 (MQ=255) ccAGGTATGTGGGG‑TAAGGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATcc < 2:177570/250‑1 (MQ=255) acagttATGTTGGT‑TAAAGCGGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATcc < 1:677141/245‑1 (MQ=255) 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cAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAAc > 1:375662/1‑251 (MQ=255) ggCTTCCCGCCTGCG‑GCAGCTTTCGTTGCAACCTGTCGGGTTGCTGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGGCGCGCTGGGTGCCGTGGTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGTTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATGTATCGCAACtt < 2:35123/251‑1 (MQ=255) | GTTTCGCTGGCAGGGGATTGTCCGCCACGCATCTTGACGAAAATTAAACTCTCAGGGGATGTTTTCTTATGTCTACGCCATCAGCGCGTACCGGCGGTTCACTCGACGCCT‑GGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAG‑CACTGTCCGTCAGGAAGTGG‑TTGCCGGGTTAACAACG‑TTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGG‑TAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCG‑GCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTT > NC_000913/4278411‑4278888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |