Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,745,089 | 0 | A | C | 30.9% | 127.6 / 17.7 | 85 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/11); new base C (0/25); total (45/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCAC‑CC‑GCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACAT > NC_000913/2744844‑2745339 | ccGAGGCTTCATGTCCCAGTCCTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑tt‑t > 2:338889/1‑251 (MQ=255) cGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAACCCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAGTTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGAGCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGT‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑Tg < 2:427671/251‑1 (MQ=255) cATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGAGTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCa < 1:298989/251‑1 (MQ=255) aTGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCAc > 2:391370/1‑251 (MQ=255) tCCCAGTGATCCAGGAATAAACCGGGACCCGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTACTCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGCGG‑TGACCGTTAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCAC‑cc‑g > 2:425844/1‑251 (MQ=255) ccAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAACGTCATTGCTGGTAACTCACCACCCCTGAGACCGTAATCGCCGCTTAAACATTCTCAGTCAATTTCGCTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCAC‑cc‑gcc > 1:83880/1‑251 (MQ=255) tACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCAC‑CC‑GCCGCgg > 1:96907/1‑251 (MQ=255) cGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCAC‑CC‑GCCGCGGCTTTtg > 2:108374/1‑251 (MQ=255) aCCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATAGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTATTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCAC‑CC‑GCCGCGGCTTTTGCTGCATg > 1:218257/1‑250 (MQ=255) ggggAAACGGAGTCAATCAGCGTCTTTGCGAGTAACTCCCCCCTCCTGAGGCAGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATCCCT‑TCGTAGCGCCCGCACACAAGAATCAATTTTGGATTCGTTGCTGGTTCGCTGCCGCCCGCTTGATCAA‑GCGTGCGTCCTTGTGG‑GGACAGATAAATCGCC‑TT‑TGCCCCTTCAC‑CC‑GCCGCGGCTGTTGCTGCATGAAt < 2:521577/250‑1 (MQ=255) 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aCGTAATCGACGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAAGCAATTTTTGGTTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGCCCCTGAGG‑TGACAGATAACTCACC‑TT‑TGCGACTTCAC‑CC‑GCCGCCACTTCTGCTGCCTGAACAGCATCCAGCAACGGCTGCACCGTCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGtc > 2:22460/1‑250 (MQ=255) gaaaTCGCCGATTGACCATTCTTCGTCATTTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATCCCT‑TCGTAGCGCCCGCACCCCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCTTCCCTGTGG‑TGACAGAAAAACCACC‑TT‑TGCGCCTTCAC‑CC‑GCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAg < 1:585843/249‑1 (MQ=255) aaTCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCAC‑CC‑GCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAgg > 1:601320/1‑250 (MQ=255) 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CCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCAC‑GCGCTCATCTATACCT‑TCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAA‑GCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TT‑TGCGCCTTCAC‑CC‑GCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACAT > NC_000913/2744844‑2745339 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |