| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,608,244 | 0 | T | G | 30.2% | 50.0 / 11.8 | 54 | V443G (GTG→GGG) | hyfF | hydrogenase 4 component F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/25); new base G (15/1); total (28/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTT‑CCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCATCTGTTTCGGAGAAACACAGTGAACG > NC_000913/2607999‑2608493 | ccTGCTCAAGTACGGCCCGCGCGATCTCAACGTCGTCGGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGTGTTaa < 1:271169/250‑1 (MQ=255)aCTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGTGTTa < 1:254041/250‑1 (MQ=255) cAAGTACGGCCCGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGTGTTAATGGc < 1:370508/249‑1 (MQ=255) aatgaCGGCCCGCGCGATCTCAACGTCTTCTGTGGTATGCGCAAAATCAGGCCATTTACCGCCGTGCTGTTGGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGTGTTAATGGCGaa < 2:518316/247‑1 (MQ=255) gcgATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCCGGGACGGGTGG‑CCGCGCGGGGGGTAATGGGGGAACCGCCGCAGGcc > 1:99534/1‑251 (MQ=255) aCGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGAGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCCCCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCCGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCCCAGGCCGTTAA‑CCgg > 1:306063/1‑251 (MQ=255) cTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAAACGCCGCAAGCCGTTAA‑ACgggggggtc > 1:574255/1‑246 (MQ=255) tgggggaggcacAAAATCAGCCCTTTTCCCGCCGTGCTTTTGGGCGGCGTTGCGCTGGCTCTGGCAGGGTGGCCGCCCTTCAACTTTTTTCTTAGGGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACTTAATCACCGGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATGGCTGTTA‑ACGCTGGTGGTGGGGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGTGTTAATGGCGAACCCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGTGAtc < 1:321734/239‑1 (MQ=255) gATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGGTGGAGCTGGCAGGGATGCCGCAATTAAACATTTTTCTTGGCGAATTTATGACCTTTACCGCCGGAATGGCCCGTAATCACCTGATGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTCTTA‑ACGCCGGTCCTGGCGGG‑CCTGGTACGGTGGG‑CCGCGCGGGGGTTCATGGGGGAACCCCCGCCGGCCCTTCA‑CCGGGGGGGTCTCGGCt > 1:655274/1‑251 (MQ=255) tGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCCGGGACGGGTGG‑GTGCGCGGGGGGTTATGGCGGAACCGCCGCAGGCCGTTAAACCGGGG‑GATCTCGGGTgg > 1:242722/1‑251 (MQ=255) cTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCAGACAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGAATGGCACGCAATAACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGGAAGGCTGGGCGGC‑CGGGGGTTTATGGCGGAACCGCCGCCGGGCGGTAT‑CCGGGGGGAGCTCgggcgggt > 1:79298/1‑245 (MQ=255) aTCATGCCTTTTCCCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACTTTTTTCTTAGCGAATTTATGCCCATGCCCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGTTTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGTTGATCTCGGTTGGTTGaccac < 1:525093/251‑1 (MQ=255) ttACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCCGGCCGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTAACGCCGGACTGGCACGACCTCACCTGCTGATTATCGTTCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑GCTGGGGCGGAGGG‑CGGGGGGGGTGTTAATGGCGGAAACGCCGAAGGGGGTTTA‑TCGGGGGGGTTTTGGCTGGTTGACCCCCCCGcccaa > 1:387423/1‑247 (MQ=255) 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gttgggcggcGGTGCGCTGGCGCTGGCGGGGATGCCGCCCTTCAATATTTTTCTTACCGAATTTATGACCATTACCGCCGGATTGGCACGTAATCCCCTGCTGATTATCGTCCTGCGTTTATTGCTGTTA‑CCGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGAAGGGATGG‑CTGCGGGGTTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTgg < 1:299439/247‑1 (MQ=255) ggcgctggcAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGGGATCTCGGCTGGGTGACCCCCTCGCCCATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGGTgg > 1:654743/1‑251 (MQ=255) aGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGGACGGATGG‑CTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCCGGCCGGTAA‑ACGGGGGGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGGGATTCTGCTGGGCATGATGCTGGGGCTGGGAACGCat > 1:127208/1‑250 (MQ=255) ccTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGAGGG‑CTGCGCGGGGGTTAATGGCGGAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGGGGTCTCGGCTGGGTGACCACCCCGCCCATGGTGATTTTGCTGGGCATGTTTCTGGCGGTGGGGAGGGATATTCCACaaacc > 2:253125/1‑248 (MQ=255) ccTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGGACGGATGG‑CTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCCGGCCGTTAA‑CCGGGGGGATCTCCGGTGGTTGACCACCTCGCCCATGGGGATTTTGCTGGGCATGATTCTGGGGATGGGAACGCCGATTCCACAAccc > 1:336611/1‑250 (MQ=255) tCTTAGCAAATTTATGACCATTCCCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATGGCGGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGAGGG‑CTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATc < 1:5503/250‑1 (MQ=255) ttggcgatttgagacccttccccgccgGACGGGCACGTAACCCCCTGCTGATAGTCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑CCGGTGGTGCGGGCGGC‑CCGGGTACGGAGGG‑CTGGGGGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCt < 2:446687/229‑1 (MQ=255) gaGCGAATTTATGCCCATTACCGCCGGACTGGCACGAAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑CCGCTGGTTCTGGCGGG‑CCGGGTACGGATGG‑CTGCGCGGTTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATcc < 1:90046/247‑1 (MQ=255) aGCGATTTTATGCCCATTCCCGCGGGACTGGCCCGTAATCACCTGCTGTTTAGCGTCCTGCTGTTTTTGCTGTTA‑ACGCGGGTGCTGTCGGG‑CCTGTTACGGTTGG‑CTGCGCGGGTTTTAATGGCGAACCCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTgg < 1:606552/250‑1 (MQ=255) 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ccATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATAGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGCACGGGTGG‑CAGCGAGGGGGTTAATGGCGCAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑ACGGGGGGATCTCGGCTGGGTGACCCCCTCGCCAATGGGGATTCTGCTGGTCatgat > 1:307194/1‑190 (MQ=255) cgGACTGGCACGTAACCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCGGGCGGG‑CTTGGTACGTAGGC‑CGGCGCGGGTGTTAATGCCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAA‑CCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTT‑CCACTATAGTCctct < 1:141775/251‑1 (MQ=255) cTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTA‑ACGCTGGTGCTGGCGGG‑CCTGGTACGGATGG‑CTGCGCGGGTGGTTATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGGTAA‑ACGGGGGGGTCTCGGGTGGGTGGCCACCCCGCCAATTGGGATTCTGCTGGTCATGAGGGTGGCGCTGGGAACCCATTTTCCACAAACTGTCCTCCGGGACCTGGCGGGGGCTT‑CCCCCATAATCCtctccgg > 2:166229/1‑248 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |