| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 803,869 | 0 | G | T | 27.9% | 80.8 / 10.8 | 43 | V123L (GTG→TTG) | ybhJ | putative hydratase YbhJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/24); new base T (12/0); total (19/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTT‑AATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTGACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCCACAGGAT > NC_000913/803624‑804108 | ttCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTACAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTTTGCCt > 1:150083/1‑251 (MQ=255) tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCa < 1:41230/248‑1 (MQ=255) gCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATAttn < 2:259558/251‑2 (MQ=255) ataataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTTTGGCTCCGCATAtttcg > 1:116925/1‑248 (MQ=255) aataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGGCTCCGCCTATTGCggg > 1:108469/1‑250 (MQ=255) aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGGTATTTTTTTGCTCCCCCATATTgggttct > 2:57822/1‑245 (MQ=255) tatGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGGCTCCGCagttttccgttcttcctacctat > 2:83040/1‑228 (MQ=255) aTAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTTTGCCTCCGCATTTTTCGGGCATCCCTCAATATTTGCgg > 1:15074/1‑250 (MQ=255) aTAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGt < 2:92109/251‑1 (MQ=255) aaattAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTgag < 1:325548/248‑1 (MQ=255) aGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTCCCTTTTTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGACCGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAggc < 2:458901/251‑1 (MQ=255) ttGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCCCCGCATATTTCGGTCATCCATTAATATATGCGTGGGGAGATTGCAggcggg > 1:347418/1‑250 (MQ=255) tGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TGTTTTTTTGCCTCCCCAAATTTTGGTCATCCCTCAATATATTAGTGAGAGGATGGCCggccgcg > 1:205099/1‑251 (MQ=255) ttCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TTTTTTTTTGCCTCCCCATATTTGGGTCATTCCTCAATATTTGCGTGGGTTTATGGCAggggggggcc > 1:180570/1‑243 (MQ=255) cATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCaaa < 1:355382/251‑1 (MQ=255) aTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTTTGCCTCCGCATATTTTGGGCATCCATCAATATATGCGTGGGATGGTGGGAggcggggggaaa > 1:498770/1‑243 (MQ=255) 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ggTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑Accc < 2:446504/250‑1 (MQ=255) tGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGGACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTAc < 1:51378/250‑1 (MQ=255) gACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCAt < 1:35157/251‑1 (MQ=255) 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tATGTGCGGACCAAATGCCATACCTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTg < 2:14282/249‑1 (MQ=255) gtgCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTaa < 1:328950/250‑1 (MQ=255) aCCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAgct < 1:375975/251‑1 (MQ=255) 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gcgcCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTT‑AATGACACCTGGGATATc < 2:540069/251‑1 (MQ=255) aCGGTGATGACCATGTTTTTGTTTTATCGGCGGCCCATCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTT‑AATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCg < 2:150083/251‑1 (MQ=255) cGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTTTGCCTCCGCATTTTGCGGTCATCCATCCATATATGCGGGAGATGATGGCAGGCGGGGGCCAAAAGATCCCCCGGGCCGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAAAGGCAGTCGGTGGGGGCGGCGGGGGGGTGGTAAAAAAACCACTTTAAT‑ACACCCGGGATATCGACCCTCCCGGCGTgggttcgg > 2:220873/1‑245 (MQ=255) ggTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGGCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATTATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCCGTACGGGGCCTTAGGGGCAATGGCAGTCGGTGGGGGCGGCGGGGAGTTGGTAAAACAACTGCTT‑AATGACCCCTGGGGTGTCGACTATCCGGGCGTGGTTGCggg > 1:316224/1‑250 (MQ=255) atgaCCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑GATTTTTTTGGCTCCGCCTATTGCGGGCATCCATCAATATATGCGTGGGATGATGGCAGGGGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGAAAGACAC‑AACCGTTTCGGTGCATTAGGGACAATGGCAGACCGGGAGGGGGGGGGGGAGTTGGTAAAAAAACTGCTT‑AATGACACATGGGGTATTGACTTTCCGGGGGTGGGTGCggggga > 1:427926/1‑246 (MQ=255) aTCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTT‑AATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTGACCGGAAAACCTg < 2:398695/248‑1 (MQ=255) gcCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTTTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGGGAGTTGGTAAAACAGCTGCTT‑TATGACACCTGGGATATCGGCTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTGACCGGAAAACCTGCGCCGTAtgt > 1:82229/1‑251 (MQ=255) aTGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCCTATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGGGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTT‑AATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGGGCATCTGACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCcac > 1:440347/1‑249 (MQ=255) gCGG‑TATTTTTGGGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTT‑AATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTGACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCCACAGGAt < 2:82229/251‑1 (MQ=255) | TTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGG‑TATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCAC‑ACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTT‑AATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTGACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCCACAGGAT > NC_000913/803624‑804108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |