| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,315,884 | 0 | C | T | 33.3% | 59.4 / 11.1 | 37 | S51N (AGC→AAC) | yciG | stress‑induced bacterial acidophilic repeat motifs‑containing protein YciG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/6); new base T (0/12); total (19/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAAGCCTGACTTAATTTTTCATTTGATGTTGCTCTTGCGAGTTTTGCCAGTGCCCGGGTTAATTGTTTTTCTGCGCTGTAGGTATCTGAAAGCAGGTGAATAAATACATCTTCAATGGTCTTCATATTCATATTTTTCTCCAGTGAAA‑TCACTGCGAGCCATACGGCCCGCAGATGCAATTATCTTTATCAGCTGATATTAATAATTAACGG‑TGAAT‑CAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATT‑ACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCATTAATATGAGTGTTGTGTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAA > NC_000913/1315639‑1316126 | aaaaGCCTGACTTAATTTTTCATTTGATGTTGCTCTTGCGAGTTTTGCCAGTGCCCGGGTTAATTGTTTTTCTGCGCTGTAGGTATCTGAAAGCAGGTGAATAAATACATCTTCAATGGTCTTCATATTCATATTTTTCTCCAGTGAAA‑TCACTGCGAGCCATACGGCCCGCAGATGCAATTATCTTTATCAGCTGATATTAATAATTAACGG‑TGAAT‑CAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTttgt > 1:125559/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |