| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,279,031 | A→G | I185V (ATT→GTT) | ghxP → | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,279,031 | 0 | A | G | 95.7% | 161.9 / NA | 46 | I185V (ATT→GTT) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (20/24); minor base T (0/2); total (20/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGATGAAAACGGCAATTCACTGATTGGCAGCCTGGACATTATGGGCGCGCTGAATCCTGTAGTCCTGCCAAGCGTT > NC_000913/4278786‑4279261 | aaCATATTAGCGTACCTGTCGCCCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTGTAGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGGGGTTATg > 2:65130/1‑251 (MQ=255) cATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTc < 1:508527/251‑1 (MQ=255) gCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTa < 1:528207/251‑1 (MQ=255) gcTGGGTGCCGGGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGGCACTGGTAGGTCatacctaac < 2:285763‑M1/251‑10 (MQ=255) 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tGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcgaagatagcattatttcctctccctcttcttcgctgtaccagataaccgg > 1:151174‑M1/1‑45 (MQ=255) acttcgCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctgggatagggggaggcgaagatagcattattttctttccctcttcttcgctgtaccagataaccggccccat > 2:340054‑M1/3‑39 (MQ=255) | AACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGATGAAAACGGCAATTCACTGATTGGCAGCCTGGACATTATGGGCGCGCTGAATCCTGTAGTCCTGCCAAGCGTT > NC_000913/4278786‑4279261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |