| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,000 | 0 | C | T | 33.3% | 48.7 / 17.5 | 42 | noncoding (49/59 nt) | sokC | small regulatory RNA antitoxin SokC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/8); new base T (0/14); total (20/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGATTCGTAAGCCGTGAAAACAGCAACCT‑CCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTC‑TTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAAT‑GCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAG > NC_000913/16756‑17228 | cgaatgcttAAGCCGTAAAAACAGCAACCC‑CCTTTTGGCCAGTTCGGAGGTGAACCTCACAGGGGTC‑TTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCtttt < 2:60997/241‑1 (MQ=255)cGGATTCGTAAGCCGTGAAAACAGCAACCT‑CCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTC‑TTTTCTCGTTCCCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTtc‑t < 1:429761/251‑1 (MQ=255) ggttccGTAAGCCGAGAAAACAGCA‑CCTGCCGTCTGGCCATTTGGGATGTGAACCTCACAGAGGTC‑TTTTCTCTTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTtc‑tc < 2:545638/246‑1 (MQ=255) ggATTCGTAAGCCGTGAAAACAGCAACCT‑CCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTC‑TTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTTCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGGTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTtc‑tt > 2:544382/1‑250 (MQ=255) 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ccgCAACCC‑CCGTCGGGCCAGTTGGGGTGTGACCCTAACAGAGGTC‑TTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAAT‑g < 2:325166/249‑1 (MQ=255) ccccGTCGGGCCAGTCCGGATGTGACCCTCACAGAGGTC‑TTGTCTCGTTCCCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAAT‑GCCTgaga < 2:505551/249‑1 (MQ=255) tGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTC‑TTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGTCGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATACTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCCCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTTCCGTTCCGCTCAT‑GCCTGagacagac > 2:466064/1‑249 (MQ=255) 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ggcggTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAAT‑GCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCt > 1:135096/1‑251 (MQ=255) aTACAGATGACGACCGGGGCGACACTCACCTCTTTATGCTGCTTCTTTCCTCTCTTCCCTTTCTCCTTGGGGTAAGAAAGGGGCCTTCTAATTGT‑TTTCAGAATATAGGAGGCTTGGGGTTG‑AGGGTAAAATATCCCTGGGGGTTTTTT‑TCTTTCTGCCTTTAAGCAAAT‑GCTTGAGACAGACAGCCCCAAGCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTGAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTg < 1:462434/251‑1 (MQ=255) aGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAAT‑GCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGa > 2:120995/1‑248 (MQ=255) 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cGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAAT‑GCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCt > 1:492867/1‑251 (MQ=255) gatgtaaaaaTATCACTCGGGGTTTTTC‑TCTATCGCCCGTTCAGCTAAT‑GCCTGAGACAGCCACCCCCAACCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAg < 1:583951/245‑1 (MQ=255) | CGGATTCGTAAGCCGTGAAAACAGCAACCT‑CCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTC‑TTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGT‑GTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTG‑ATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAAT‑GCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAG > NC_000913/16756‑17228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |