| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499–1300697 | 1300697 | 1–1199 | 37 [0] | [0] 37 | insH21 | insH21 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 37 (0.580) | 35/480 | 0.9 | 100% | intergenic (+253/‑69) | ychE/insH21 | MarC family putative inner membrane protein YchE/IS5 family transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 family transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TCAAATGAAACGGAGCTGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTCCCGCATGGAGCAGATTCTGCCATGGCAAAACATGGTGGAAGTCATCGAGCCGTTTTACCCCAAGGCTGGTAATGGCCGGCGAC > NC_000913/1299252‑1299726 | tCAAATGAAACGGAGCTGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata < 1:556125‑M1/250‑4 (MQ=255) gAAACGGAGCTGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatca < 1:428167‑M1/251‑11 (MQ=255) gCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat < 1:419223‑M1/250‑21 (MQ=255) cATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:252939‑M1/251‑24 (MQ=255) gTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:421828‑M1/1‑220 (MQ=255) tctTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATACTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCCTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATCTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAAGTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattagtgtgcatttca < 1:531234‑M1/249‑35 (MQ=255) ttttACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgt < 1:506073‑M1/250‑48 (MQ=255) aCTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAAGAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCTCCATCATGTTATTTTCGCCCCATCCTAATCCAGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTACTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttccctactggaactgtaatc < 2:303717‑M1/250‑52 (MQ=255) ttGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcaga < 2:414481‑M1/250‑55 (MQ=255) ttGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcag < 2:381499‑M1/249‑54 (MQ=255) ncgcgcAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagat > 2:287202‑M1/2‑190 (MQ=255) caaaagcaaaagGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagc < 1:325544‑M1/251‑74 (MQ=255) caaaagGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatct > 2:48925‑M1/1‑172 (MQ=255) aaTAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagttcgacatgcttagccaatctctatttg > 1:453737‑M1/1‑165 (MQ=255) gTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattg > 1:477551‑M1/1‑160 (MQ=255) aaTATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattg > 2:88568‑M1/1‑155 (MQ=255) tatTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaa > 1:489304‑M1/1‑153 (MQ=255) cAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaa > 1:507516‑M1/1‑137 (MQ=255) cAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaa < 2:507516‑M1/148‑12 (MQ=255) agttagttATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcat > 1:356825‑M1/1‑136 (MQ=255) aGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagct > 1:500851‑M1/1‑125 (MQ=255) cTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattc > 1:40561‑M1/1‑117 (MQ=255) cACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataa > 2:221342‑M1/1‑101 (MQ=255) atcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaa < 2:126156‑M1/146‑50 (MQ=255) atcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaa > 1:126156‑M1/1‑97 (MQ=255) tGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaatt > 1:530050‑M1/1‑93 (MQ=255) aTTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaattgct < 1:221342‑M1/250‑162 (MQ=255) atcatAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaattgcttaacaattttgn < 2:281796‑M1/251‑174 (MQ=255) aaTCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaattgcttaacaattttgcaaaa < 1:287202‑M1/250‑178 (MQ=255) cTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttg < 1:9241‑M1/175‑107 (MQ=255) cTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttg > 2:9241‑M1/1‑69 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaattgcttaacaattttgcaaaatgtattggcgagtaagaaccgcattt < 2:420633‑M1/250‑204 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGCAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaattgcttaacaattttgcaaaatgtattggcgagtaagaaccgcatttggtactttccgggc > 1:511428‑M1/1‑34 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaattgcttaacaattttgcaaaatgtattggcgagtaagaaccgcatttggtactttccgggcaaccg > 2:91282‑M1/1‑29 (MQ=255) gCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaattgcttaacaattttgcaaaatgt < 1:57908‑M1/204‑181 (MQ=255) gCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaattgcttaacaattttgcaaaatgt > 2:57908‑M1/1‑24 (MQ=255) ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaataaaagagaattgcttaacaattttgcaaaatgtattggcgagtaagaaccgcatttggtactttccgggcaaccgccagac > 1:535451‑M1/1‑23 (MQ=255) | TCAAATGAAACGGAGCTGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTCCCGCATGGAGCAGATTCTGCCATGGCAAAACATGGTGGAAGTCATCGAGCCGTTTTACCCCAAGGCTGGTAATGGCCGGCGAC > NC_000913/1299252‑1299726 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |