| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,488,209 | 0 | G | T | 25.0% | 122.3 / 10.6 | 57 | G298C (GGC→TGC) | lptG | lipopolysaccharide transport system protein LptG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/30); new base T (14/0); total (27/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTT‑GGCCCACTGCGTAGCGTACCGATGGGCGTGCGTGTGG‑TCACCGGTATCA‑GTTTCGGTTTTGTCTTCT‑ACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCT‑GACGTTGGTTTATGGCATCCC‑GCCGATCATCGGCGCACTG‑TTG‑CCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGCTCCCTTTATTATTGTTAGCAAAGTGTG > NC_000913/4487964‑4488456 | aTCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGAGGATGCCGATGGCGGTGTCGTTCATCTTT‑TGcccc > 1:189639/1‑250 (MQ=255) 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atgatgCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTT‑GGCCCACTGCGTAGCGTACCGATGGGCGTGCGTGTGG‑TCACCGGTATCA‑GTTTCGGTTTTGTCTTCT‑ACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCT‑GACGTTGGTTTATGGCATCCC‑GCCGATCATCGGCGCACTG‑TTG‑CCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGc > 1:73006/1‑251 (MQ=255) gatgCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTT‑GGCCCACTGCGTAGCGTACCGATGGGCGTGCGTGTGG‑TCACCGGTATCA‑GTTTCGGTTTTGTCTTCT‑ACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCT‑GACGTTGGTTTATGGCATCCC‑GCCGATCATCGGCGCACTG‑TTG‑CCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGCt < 1:549047/250‑1 (MQ=255) tgCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTT‑GGCCCACTGCGTAGCGTCCCGATTGGCGTGCGTGTGG‑TCCCCGGTATCA‑GTTTCGGTTTTGTCTTCT‑ACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCT‑GACGTTGGTTTATGGCATCCC‑GCCGATCATCGGCGCACTG‑TTG‑CCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGCTcc < 1:187456/250‑1 (MQ=255) gCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTT‑GGCCCACTGCGTAGCGTACCGATGGGCGTGCGTGTGG‑TCACCGGTATCA‑GTTTCGGTTTTGTCTTCT‑ACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCT‑GACGTTGGTTTATGGCATCCC‑GCCGATCATCGGCGCACTG‑TTG‑CCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGCTccc < 1:267980/250‑1 (MQ=255) gTCGTTCATCTTT‑GGCCCCCTGCGTAGCGTACCGTTGGGCGTGCGTGTGG‑TCACCGGTATCA‑GTTTCGGTTTTGTCTTCT‑ACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCT‑GACGTTGGTTTATGGCATCCC‑GCCGATCATCGGCGCACTG‑TTG‑CCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGCTCCCTTTATTATTGtt < 1:116114/250‑1 (MQ=255) ttCATCTTT‑GGCCCACTGCGTAGCGTACCGATGGGCGTGCGTGTGG‑TCACCGGTATCA‑GTTTCGGTTTTGTCTTCT‑ACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCT‑GACGTTGGTTTATGGCATCCC‑GCCGATCATCGGCGCACTG‑TTG‑CCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGCTCCCTTTATTATTGTTAGCa > 2:110354/1‑250 (MQ=255) tt‑GGCCCACTGCGTAGCGTACCGATGGGCGGGCGTGTGG‑TCACCGGTATCA‑GTTTCGGTTTTGTCTTCT‑ACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCT‑GACGTTGGTTTATGGCATCCC‑GCCGATCATCGGCGCACTG‑TTG‑CCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGCTCCCTTTATTATTGTTAGCAAAGtgtg < 2:53139/250‑1 (MQ=255) | ATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTT‑GGCCCACTGCGTAGCGTACCGATGGGCGTGCGTGTGG‑TCACCGGTATCA‑GTTTCGGTTTTGTCTTCT‑ACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCT‑GACGTTGGTTTATGGCATCCC‑GCCGATCATCGGCGCACTG‑TTG‑CCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGCTCCCTTTATTATTGTTAGCAAAGTGTG > NC_000913/4487964‑4488456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |