| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,441,253 | 0 | A | G | 26.2% | 135.0 / 12.2 | 65 | M66V (ATG→GTG) | ydbJ | DUF333 domain‑containing protein YdbJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/33); new base G (17/0); total (32/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGTGTCGTTTGGCTTGAAGATCAGAGGAAGAAAAGATGCGAGCAGCGTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAGCGCACATCATACGGGTCATTGCCAGCCCTTTG > NC_000913/1441023‑1441495 | ggTGTCGTTTGGCTTGAAGATCAGAGGAAGAAAAGATGCGAGCAGCGTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGc < 1:536654/251‑1 (MQ=255) aGATCAGAGGAAGAAAAGATGCGAGCAGCGTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGGTGGGACGGCG‑GTTGGGGTGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAAc > 1:64440/1‑250 (MQ=255) cAGAGGAAGAAAAGATGCGAGCAGCGTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGCCAACTGGGTGGGACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCCTTACCC‑AAC‑GGCAAAAGCTG‑TAGCGAACAgac > 1:168975/1‑248 (MQ=255) gagGAAGAAAAGATGCGAGCAGCGTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGATTGCTTTTTTTTTCCCGCCCACTGGCTGGAAAGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑AGCGAAAGCTG‑TACAGAACAGTAACt > 2:408728/1‑251 (MQ=255) aaaGATGCGAGCAGCGTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGTCCGTCAACCGGGTGGTACGGCG‑ATTGGGGTGTGGGCATTTCCC‑CAC‑GGCAAACGCTG‑TAGGGCAAAGTCACTTgccgccc > 2:419227/1‑250 (MQ=255) aaaGATGCGAGCAGCGTATGGGGTAGGGTGTGCCTCTTGATTGTTGTCGGCGTGTATTAGTGGACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCGCGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTATGCAATGATCGGCTGTGCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑AGTGGGATGTGTGTATTGCCT‑AAC‑GGCAAACGGTT‑TAGCGAACAGTATCTTAccgccg < 2:105706/251‑1 (MQ=255) cagcGTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTTGCTTTCTGTTGCCCCTCAACTGGGTGGGACGGCG‑GTTGGGGTGCGGGGCTTACCC‑AAC‑GGCCAACGCTG‑TAACGAACACACACATTCCGCCCGGGGCTGTggg > 1:223880/1‑250 (MQ=255) cagcGTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGc < 2:604738/251‑1 (MQ=255) ggTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGc < 2:316070/250‑1 (MQ=255) ttGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGTTGTGGCAGCTAt < 1:419227/250‑1 (MQ=255) gggTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGGACGGCG‑ATTGGGGTGTGTGCATTAACC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGGGCTGTGGCAGCTCTTa > 1:577815/1‑250 (MQ=255) ggTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAAt < 1:134769/251‑1 (MQ=255) ggTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCAtt < 1:136633/251‑1 (MQ=255) 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agtGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGttt < 2:64440/251‑1 (MQ=255) agtGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGtt < 1:221014/250‑1 (MQ=255) aaCCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGGCAACTGGGTGGTACGGGG‑ATTGGGGTGTGTGCCTTACCC‑AAC‑GGCAAACGCCG‑TAACGAACAGTCACTTGCCCCCGGGGGATGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATTCGCCCGCTTATAAATTACTGTCtttttttcg > 2:427948/1‑248 (MQ=255) 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gaAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGgt < 1:385638/251‑1 (MQ=255) aGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGgtgt < 1:157072/251‑1 (MQ=255) cAATGATCGGCGGGTTGCTTTCTGTTGACCGTTAACTGGGTAGTACGGCGGATTGG‑ATGGGGGCATTACCC‑AAC‑GGCAAAAGCTT‑TAGGGAACCGGCAATTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAAACCCCCCACTTTTAAATTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCCGCGGTTACT‑GGTTCGCGGGCAGATCCACTTTTGCCCCTTCTTTTCGCATTTTGCTAATGGTGGTATCGAGTTc > 2:559642/1‑250 (MQ=255) gagcggcggTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCAGTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTGTT‑GC‑GGTCTCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCGCTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGGGTTCATTaa < 2:168975/248‑1 (MQ=255) ggTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCgg < 1:135638/251‑1 (MQ=255) cGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTa < 2:223880/251‑1 (MQ=255) ttCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAgcgc > 1:306837/1‑251 (MQ=255) ttCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAgc < 1:516774/249‑1 (MQ=255) gtcgCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATAGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAGCGca < 1:512146/245‑1 (MQ=255) gTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAGCGCAcat > 2:394460/1‑251 (MQ=255) tGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAGCGCAcatc < 2:457404/250‑1 (MQ=255) ccGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAGCGCACATCATAc > 2:159791/1‑251 (MQ=255) aTGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAGCGCACATCATACGGGTCATTGcc > 1:455685/1‑251 (MQ=255) aCGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAGCGCACATCATACGGGTCATTGCCAGcc < 1:408728/250‑1 (MQ=255) cG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAGCGCACATCATACGGGTCATTGCCAGCCCTTTg > 1:327750/1‑251 (MQ=255) | GGTGTCGTTTGGCTTGAAGATCAGAGGAAGAAAAGATGCGAGCAGCGTTTTGGGTAGGGTGTGCCGCTTTATTGTTGTCGGCGTGTAGTAGTGAACCTGTTCAGCAGGCGACTGCCGCGCACGTAGCGCCAGGTTTAAAAGCGTCGATGTCCAGTAGTGGAGAAGCAAATTGTGCAATGATCGGCGGTTCGCTTTCTGTTGCCCGTCAACTGGATGGTACGGCG‑ATTGGGATGTGTGCATTACCC‑AAC‑GGCAAACGCTG‑TAGCGAACAGTCACTTGCCGCCGGGAGCTGTGGCAGCTATTAATTCATTAAATCCGCCAGCTTATAAGTTAATGTCTGTTTT‑GC‑GGTCGCCAGCGTTAACT‑GGTTCGCGGTCAGATCCACTTGTGCACCTTCTTTCAGCATTTCGCTAATGGTGTTATCGAGTTCATTAAGCTGCGGGTTAGCGCACATCATACGGGTCATTGCCAGCCCTTTG > NC_000913/1441023‑1441495 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |