| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,033,612 | 0 | T | G | 38.2% | 122.0 / 12.5 | 68 | G156G (GGT→GGG) | trkH | K(+) transporter TrkH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/31); new base G (26/0); total (37/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGTTCTGGACCGTGCTGGGTAGCGTCGGTGCGCTCCCTTTTATCTTCTCGGAAAGCCCGAACCTCACGATTACCGATGCGTTTTTTGAATCTTTCTCTGGCCTGACCACTACGGGAGCCACTACGCTGGTGGGGCTGGATTCGCTCCCTCACGCCATCCTCTTTTATCGCCAGATGCTGCAATGGTTTGGCGGGATGGGGATCATCGTGTTGGCGGTTGCGATACTGCCTATCCTCGGCGTGGGTGGGATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGCGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGACACATGATGCCAGTATCGGTTATTTCGATAGCCCGACTATTA > NC_000913/4033368‑4033859 | tGTTCTGGACCGTGCTGGGTAGCGTCGGTGCGCTCCCTTTTATCTTCTCGGAAAGCCCGAACCTCACGATTACCGATGCGTTTTTTGAATCTTTCTCTGGCCTGACCACTACGGGAGCCACTACGCTGGTGGGGCTGGATTCGCTCCCTCACGCCATCCTCTTTTATCGCCAGATGCTGCAATGGTTTGGCGGGATGGGGATCATCGTGTTGGCGGTTGCGATACTGGCCATCCTCGGCGtggggggggtg > 1:743256/1‑248 (MQ=255) ggACCGTGCTGGGTAGCGTCGGTGCGCTCCCTTTTATCTTCTCGGAAAGCCCGAACCTCACGATTACCGATGCGTTTTTTGAATCTTTCTCTGGCCTGACCACTACGGGAGCCACTACGCTGGTGGGGCTGGATTCGCTCCCTCACGCCATCCTCTTTTATCGCCAGATGCTGCAATGGTTTGGCGGGATGGGGATCATCGTGTTGGCGGTTGCGATACTGCCTATCCTCGGCGTGGGTGGGATGCAg < 1:73350/248‑1 (MQ=255) ccGTGCTGGGTAGCGTCGGTGCGCTCCCTTTTATCTTCTCGGAAAGCCCGAACCTCACGATTACCGTTGCGTTTTTTGAATCTTTCTCTGGCCTGACCACTACGGGAGCCACTACGCTGGTGGGGCTGGATTCGCTCCCTCACGCCATCCTCTTTTATCGCCAGATGCTGCAATGGTTTGGCGGGATGGGGATCATCGTGTTGGCGGTTGCGATACTGCCTATCCTCGGCGTGGGTGGGATGCAGCTCTAt < 2:227904/251‑1 (MQ=255) gggTAGCGTCGGTGCGCTCCCTTTTATCTTCTCGGAAAGCCCGAACCTCACGATTACCGATGCGTTTTTTGAATCTTTCTCTGGCCTGACCACTACGGGAGCCACTACGCTGGTGGGGCTGGATTCGCTCCCTCACGCCATCCTCTTTTATCGCCAGATGCTGCAATGGTTTGGCGGGATGGGGATCATCGTGTTGGCGGTTGCGATACTGCCTATCCTCGGCGGGGGGGGGGTGCCGCTCTATCgcgc > 1:425801/1‑249 (MQ=255) 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ggTGCGCTCCCTTTTATCTTCTCGGAAAGCCCGAACCTCACGATTACCGATGCGTTTTTTGAATCTTTCTCTGGCCTGACCACTACGGGAGCCACTACGCTGGTGGGGCTGGATTCGCTCCCTCACGCCATCCTCTTTTATCGCCAGATGCTGCAATGGTTTGGCGGGATGGGGATCATCGTGTTGGCGGGTGCGATACTGCCTCTCCCCGGCGGGGGGGGGGTTGAGCTCTATCGCGCAGGAATgcccgg > 2:532217/1‑251 (MQ=255) ctcGGAAAGCCCGAACCTCACGATTACCGATGCGTTTTTTGAATCTTTCTCTGGCCTGACCACTACGGGAGCCACTACGCTGGTGGGGCTGGATTCGCTCCCTCACGCCATCCTCTTTTATCGCCAGATGCTGCAATGGTTTGGCGGGATGGGGATCATCGTGTTGGCGGGTGCGATTATGCCTTTTCTCGGCGGGGGGGGGGTGGAGCTCTTTCGCGCCGAAAAgcccggccccccggaaggaaaaaaa > 2:433367/1‑234 (MQ=255) cGGAAAGCCCGAACCTCACGATTACCGATGCGTTTTTTGAATCTTTCTCTGGCCTGACCACTACGGGAGCCACTACGCTGGTGGGGCTGGATTCGCTCCCTCACGCCATCCTCTTTTATCGCCAGATGCTGCAATGGTTTGGCGGGATGGGGATCATCGTGTTGGCGGTTGCGATAATGCCTTTCCCCGGCGTGGGGGGGATGGAGGCCTCTTGCGCAGGAATGCCCGGCCCGCCGGAAGATAACaaaaa > 2:4504/1‑249 (MQ=255) 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cTGCCTATCCTCGGCGTGGGTGGGATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGCGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGGCAACTGATGCCCGTATCGGtttttt > 2:32783/1‑251 (MQ=255) gCCTAGCCTCGGCGTGGGTGGGATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGCGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGACACATGATGCCAGTATCGGTTAttt < 1:617275/249‑1 (MQ=255) ccTCGGCGTGGGTGGGATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGCGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGACACATGATGCCAGTATCGGTTATTTCGATAGc < 1:344995/250‑1 (MQ=255) cGGCGTGGGTGGGATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGCGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGACACATGATGCCAGTATCGGTTATTTCGATAGccc < 1:699277/249‑1 (MQ=255) ggCGTGGGTGGGATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGCGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGACACATGATGCCAGTATCGGTTATTTCGATAGCCCGAc > 1:761786/1‑251 (MQ=255) ggCGTGGGGGGGAGGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGCGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGCTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTAGATGCCAGCGGCCATAGCTTTGCGACCATGGCTATTGGCGGCGTATCGACACATGATGCCCGTATCGGTTATTTAGATAGCCCGAc > 2:514549/1‑251 (MQ=255) gtgggtggGATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGCGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGACACATGATGCCAGTATCGGTTATTTCGATAGCCCGACTAt > 1:715696/1‑251 (MQ=255) gtgggtggGATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGCGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGACACATGATGCCAGTATCGGTTATTTCGATAGCCCGACTAt > 1:430363/1‑251 (MQ=255) ggtgggATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGAGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGACACATGATGCCAGTATCGGTTATTTCGATAACCCGACTATTa > 2:684852/1‑250 (MQ=255) | TGTTCTGGACCGTGCTGGGTAGCGTCGGTGCGCTCCCTTTTATCTTCTCGGAAAGCCCGAACCTCACGATTACCGATGCGTTTTTTGAATCTTTCTCTGGCCTGACCACTACGGGAGCCACTACGCTGGTGGGGCTGGATTCGCTCCCTCACGCCATCCTCTTTTATCGCCAGATGCTGCAATGGTTTGGCGGGATGGGGATCATCGTGTTGGCGGTTGCGATACTGCCTATCCTCGGCGTGGGTGGGATGCAGCTCTATCGCGCAGAAATGCCCGGCCCGCTGAAAGATAACAAAATGCGCCCGCGAATTGCGGAAACGGCGAAAA‑CCCTGTGGTTGATTTAT‑GTCTTGCTGACCGTCGCCTGTGCGCTGGCGTTGTGG‑TTTGCCGGAATGGATGCCTTTGATGCCATCGGCCATAGCTTTGCGACTATCGCTATTGGCGGCTTCTCGACACATGATGCCAGTATCGGTTATTTCGATAGCCCGACTATTA > NC_000913/4033368‑4033859 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |