| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,206,435 | 0 | C | T | 29.4% | 59.2 / 10.0 | 34 | intergenic (‑179/‑28) | ttdR/ttdA | DNA‑binding transcriptional activator Dan/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/23); new base T (10/0); total (11/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.39e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAACTCCCGCTGTGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGTAATAAGCAACAGGC‑AGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAA‑CTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAA‑GGATGCCGAAACGTCGTCGAT‑GGGGAAAATTATCTACCATACGAT > NC_000913/3206188‑3206629 | aaaaCTCCCGCTGTGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTcccc > 2:75076/1‑249 (MQ=255) cccGCTGTGAACGATTTCGACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCGGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGGAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AAGTTTTCCAGACaa < 1:127993/249‑1 (MQ=255) gAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACaaaaan < 2:358178/251‑2 (MQ=255) aaCGATTTCTTCCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATGCAAAAACt < 2:766940/251‑1 (MQ=255) tttCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGGAATTTTTcatcacaataaaaaaaactgagt > 2:671199/1‑229 (MQ=255) cAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCatg < 2:72910/251‑1 (MQ=255) cAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATGTTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGa‑a < 1:743138/251‑1 (MQ=255) cAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGa‑a < 1:783520/251‑1 (MQ=255) gTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGt < 2:34202/251‑1 (MQ=255) ggCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATGTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATTAGCGA‑AAGtaataa < 1:496405/250‑1 (MQ=255) gCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGTAATAAGc < 2:778260/251‑1 (MQ=255) aaaGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGTAATAAGCAAc < 2:24289/251‑1 (MQ=255) aaGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGTAATAAGCAACa < 1:671199/251‑1 (MQ=255) cTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGG‑GATTTTTTCAGACCAAAAAAAAAAATGGAGGTGTCATGAAGGGCGA‑AAggaagaaccaaaaaggacgtt > 2:67346/1‑231 (MQ=255) aTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTTCAAAAAAAAACAAAAAATTGAGTTGGCAAGATGAGGGG‑AAGTAATAAGGAACAAGC‑AATGaa > 1:473429/1‑250 (MQ=255) aaTTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTTCAAACAAATAAAAAAAATGGGGGTGGCATGATGAGCGA‑AAGGAATAAACAACAGGC‑AGGGGATAAGATGACag > 1:121923/1‑248 (MQ=255) gCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGTAATAAGCAACAGGC‑AGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCt < 2:186727/251‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTTCAGACAAATACAAAAAATGGGGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGAAATAAGCAAAAAGC‑AGTGAATAAGATGACAGAGAATGTCGCTa > 1:116058/1‑250 (MQ=255) aGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTTCAGACAAATAAAAAAAAAGGAGTTGGCatgat > 1:766467/1‑187 (MQ=255) aGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCatgat < 2:766467/187‑1 (MQ=255) gtATTTCGCAAAACATTGCCTTTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTTTTAATTACATATTCCCGGTGGAAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGACATGATGAGCGA‑AAGCAATAAGCAAC‑GGCGTCTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAA‑CTTTACCGCCATGAttt < 1:135923/250‑1 (MQ=255) aTTTCGAAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAATTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGTTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGTAATAAGCAACAGGC‑AGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAA‑CTTTACCGCCATGATTTCt < 2:669529/250‑1 (MQ=255) cgaaaaaCATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGTAATAAGCAACAGGC‑AGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAA‑CTTTACCGCCATGATTTCTACCCg < 1:290091/248‑1 (MQ=255) ccATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGAGGTGTCATGATTAGCGA‑AAGTAATAAACAAAAAGA‑AGTGAATAAGTTGACAGAGATTGGCGCTAA‑CTTTAACCCCCTGATTTCTTCCCCAATGCCtgatg > 1:288747/1‑250 (MQ=255) cATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTATTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGAAAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGAGGAGCGA‑AAGTAATAAGCAACAGGC‑AGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAA‑CTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGAc < 1:75076/251‑1 (MQ=255) gCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAACACACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGATCGA‑AAGTAATAAGCAACAGGC‑AGTGAATAATTTGACAGAGATTTTCGCTAA‑CTTTGCCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACgtggtg < 1:330228/249‑1 (MQ=255) aTTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGTAATAAGCAACAGGC‑AGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAA‑CTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAA‑GGAt < 1:273879/250‑1 (MQ=255) ttttCGCGTTTATTCAGAAACTTTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAAAACAAAAACTGGATTTGCCATGATGAGCGA‑AATTAAAAAGCAACAGGC‑AGTGAATAAGTTAACAGATATTGTCCCTAA‑CTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAA‑GGATg < 2:334181/250‑1 (MQ=255) gAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGAG‑AATTTTTCCAGAAAAATAAAAAAAATGGAGTTGCCCTGATGAGCGA‑AAGTAATAAAAAAAAGGG‑AGGGGATAAATTGAAAGAGATTGTTGCTAAATTTTACC‑CCCTGGTTTTTACCCGAATGCCTAATAACGGGGGGGATAAACTAAAACAGCTAAA‑GGAGACAGAAACGGCGTCGGT‑gg > 1:118228/1‑251 (MQ=255) cTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTTCCGACAAATACAAAAACTGGAGGTGCCATTATGAGCGG‑AAGTAATAAGCAACAAGC‑AGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTTGCTAA‑ATTTACCGCCCTGATTTCTACCCCAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAAAAGCTAAA‑GGATGCCGAAACGTCGTCGCT‑ggggg > 1:547525/1‑250 (MQ=255) gTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTCCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGAGGAGCGA‑AAGAAATAAGCAACAGGC‑AGTGAAAAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAA‑CTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAA‑GGATGCCGAAACGTCGTCGAT‑GGGGaaa < 1:715666/251‑1 (MQ=255) aCATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTTCAGACAAATACAAAAACTGGAGGTGCCCTGATGAGCGA‑AAAGAATAAACAACAAGC‑AGGGAAAAAAATGACAGAGAATGTTGCTAA‑CTTTACCGCCCTGATTTCTACCCCAATGCCTGATGACGTGGGGGATAAACTAAAAAAGCTAAA‑GGAAGCCGAAAAGTCGTCGAT‑GGGGGAAATTAtat > 1:446172/1‑249 (MQ=255) cATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATATTTTCAGAAAAAAAAAAAAAATTGAGGTGCCATGATGAGCGACAAG‑AATAAGCAACAAGC‑AGTGAAAAAATTGACAGAGAATGGTGCTAA‑CTTTAACCCCATGATTTCTACCCGAAAGTCCGATGACGTGGTGGGTAAACTAAAAAAACCAAA‑AGATGCCGAAACGTCGTCGAT‑GGGGaaaaaaatttt > 1:753312/1‑244 (MQ=255) tCACGGTGGAAAAAAAAATAAACCCACATTTTTAGTGTGAGTTTGGGGGGGTG‑AATTTTTCAAAACAAATAAAAAATCTGGAGTTGCCAGGAGGAGGAA‑AAGTAATAAGCAACGGGC‑ATTAAAAAAGTTGAAAGAGTTTGTCGCTAA‑CTTAACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAA‑GGATGCCGAAACGTCGTCGAT‑GGGGAAAATTATCTACCAt < 2:753312/250‑1 (MQ=255) ggTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AAATTTTTCAAAAAAAAAAAAAAACTGGAGGTGCCATGGTGGGCGA‑AAGGAATAAACAAAAAGG‑AGGGAATAAAATGACAGAGAATTTTGCTAA‑ACTTACCGCCCTGAATTTTTCCCCCATGCCTGATGAGGGTGTGGGTAAACTAAAAAAACTAAAAGGA‑GCCGAAACGGCGTCGATTGGGGaaaaaatctacccaaaca > 2:638422/1‑236 (MQ=255) ggTGGAAAAAAATAAAAACCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTCCAAGACAAATACAAAAACTGGAGTGGCCAGGATGAGCGA‑AAGTAAAAAGCAACAGGC‑AGTAAATAAGTTGAAAGAGATTGTCGCTAC‑TTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAA‑GGATGCCGAAACGTCGTCGAT‑GGGGAAAATTATCTACCATACGAt < 2:547525/251‑1 (MQ=255) | AAAACTCCCGCTGTGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGA‑AAGTAATAAGCAACAGGC‑AGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAA‑CTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAA‑GGATGCCGAAACGTCGTCGAT‑GGGGAAAATTATCTACCATACGAT > NC_000913/3206188‑3206629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |