| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,604,237 | 0 | C | T | 28.4% | 135.3 / 19.4 | 67 | S64L (TCG→TTG) | lsrD | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/42); new base T (19/0); total (25/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGG‑CACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATT > NC_000913/1603990‑1604481 | gACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGtt < 2:642709/251‑1 (MQ=255) cACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTT‑GGtt > 1:35499/1‑251 (MQ=255) aTCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCAt < 2:190726/251‑1 (MQ=255) cGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTTTTT‑TGTTTGACCATCgg > 1:13592/1‑251 (MQ=255) cGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCgg < 2:508653/251‑1 (MQ=255) gTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTCGTTT‑TGTGCGAccgccggg > 1:168147/1‑245 (MQ=255) aaaCCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCct < 2:659905/250‑1 (MQ=255) cGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCcatt < 1:469026/250‑1 (MQ=255) gTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCcattgc < 1:450856/251‑1 (MQ=255) gTCAGGGAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCcattgc < 2:675452/251‑1 (MQ=255) 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ggTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGc < 1:162778/251‑1 (MQ=255) ggTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCAGCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGc < 1:454115/251‑1 (MQ=255) gAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACt < 2:290653/251‑1 (MQ=255) 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cattggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTTGGTTGGCCCA‑CGGCCCCTGCGCCCATGCATTGGGGGTACTTTTTCAAAATGGGGTG‑CCGGTGCCCCCGGCGGTAACCCTGGCCTTACTGCCCGGCGCCTTTTGCGGGCTGAGTAAAC‑CCGGATTTATTATTTATAACCAAA‑TTTAACCC‑CTGGGGGTTACGCCTTG‑CACGCTGTATCTTTTTTCCg > 1:209909/1‑251 (MQ=255) ggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGG‑CACGCTGTATCTGTTTGCCGGaa < 1:428500/250‑1 (MQ=255) gTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGG‑CACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGctct < 1:205070/251‑1 (MQ=255) 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gATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGG‑CACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTctg < 1:164219/235‑1 (MQ=255) tGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCt < 2:661971/199‑1 (MQ=255) cAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGG‑CACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACgg < 2:20150/251‑1 (MQ=255) tGGCGGGATCGCTATTTCGTTT‑GGTTTGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACGCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGG‑CACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACggggg > 2:517261/1‑250 (MQ=255) gCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGG‑CACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTAc < 1:363949/251‑1 (MQ=255) ggATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGG‑CACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGa > 1:262126/1‑250 (MQ=255) 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GACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTG‑CCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGA‑TCAACGCCGGATTAATTATCTATA‑CCAAA‑GTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGG‑CACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATT > NC_000913/1603990‑1604481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |