| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,185,238 | 0 | A | G | 28.2% | 176.9 / 11.3 | 78 | S22P (TCC→CCC) | thiM | hydroxyethylthiazole kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/40); new base G (22/0); total (38/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAA > NC_000913/2184989‑2185486 | cacccaccGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGaa < 2:244734/251‑1 (MQ=255) caccGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGGTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGGATggt > 1:659251/1‑249 (MQ=255) ccGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGAAAAGGATTGCCACC‑CATCATTTGTCATGCAGTGCACAAAACGGGGATGTT‑gg > 2:614853/1‑251 (MQ=255) gCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGGTTGC‑ACCACATCATTGGGCATGCAGTGCACAAGAGGGGGATGTT‑gggg > 1:376588/1‑249 (MQ=255) cTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGGTTGC‑AACACATCATTGGTCCTGCAGTGGACAAGAGGGGAATGTT‑GGTgg > 2:700248/1‑250 (MQ=255) gcTGGACCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCATCGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTTC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑CGTG‑aaa < 2:710312/250‑1 (MQ=255) cAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCCTTTGTCATGCAGTGTCCAAGAGGGGAATGTT‑TGGG‑AAAAAggggt > 1:327421/1‑248 (MQ=255) cAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGGTTGC‑ACCACATCATTGGGCATGCAGGGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGGG‑AAAAAggggg > 1:226821/1‑248 (MQ=255) aaGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAATGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCTCATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAAt < 1:131850/233‑1 (MQ=255) ggTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTCAAGGGTTGC‑ACCCCATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGGAGGTT‑GGGG‑AAAAAAGGGTAACGCGTgcgc > 2:492465/1‑251 (MQ=255) ggTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTgcgc < 1:700248/251‑1 (MQ=255) gtTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGGGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAg < 2:192026/250‑1 (MQ=255) agagCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAAGGTTGT‑ACCACATCATTGGTCATTCAGGGCACAAGAGGGGGAAGTT‑GGTG‑AAAAAAGGGGAACGCGTgggccggttgcg > 2:315693/1‑240 (MQ=255) 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cAACGTCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCCCATCATTGGTCATGCAGGGCACAAAAGGGGAATGTT‑GGGG‑GAAAAGGAGGAACGCGGTCGCCGCTTGCGCTGAAccccccagggcg > 2:111111/1‑242 (MQ=255) cAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGt < 2:229061/249‑1 (MQ=255) cAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTc < 2:234943/250‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCATCTCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAATGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACtt < 2:135034/251‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACtt < 1:198022/251‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACtt < 1:148490/251‑1 (MQ=255) 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tGGCGGGAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGc < 2:428686/250‑1 (MQ=255) gCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGTTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCgat < 1:428395/251‑1 (MQ=255) ggTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCgatg > 1:60752/1‑250 (MQ=255) gTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGCGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCgatgat > 1:677309/1‑251 (MQ=255) aGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTCGCGATGATAAAt < 1:521999/251‑1 (MQ=255) c‑accacATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCag > 1:234488/1‑249 (MQ=255) 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ttGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGt > 2:449057/1‑250 (MQ=255) tGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTa > 2:518562/1‑250 (MQ=255) cATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTACTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTc > 1:448779/1‑251 (MQ=255) 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CACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGC‑ACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTT‑GGTG‑AAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTGAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAA > NC_000913/2184989‑2185486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |