| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 836,756 | 0 | T | G | 30.8% | 143.2 / 11.4 | 65 | F136V (TTT→GTT) | hcxB | hydroxycarboxylate dehydrogenase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/38); new base G (20/0); total (27/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.13e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCG > NC_000913/836517‑837001 | aTGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTAt < 1:497636/250‑1 (MQ=255) gTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTg < 1:569811/251‑1 (MQ=255) cccTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTAtt < 1:315872/250‑1 (MQ=255) aaCCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTAGCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTcg < 1:481537/250‑1 (MQ=255) gcatGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑t < 2:602635/250‑1 (MQ=255) cGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTcgcg < 1:329390/251‑1 (MQ=255) aaGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGc < 1:698300/251‑1 (MQ=255) agagGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGcc < 1:359567/251‑1 (MQ=255) agGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGGGGTCGGGATTCCAATGGTCCCGCC‑G‑GTCCCCGGTCGCGGCAACCGc > 1:593650/1‑251 (MQ=255) ggggCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTGTCTCTATCCACTTTGTTTGCGTGGTCGGGATTTCAATTGTCGCGCC‑G‑CTCCACGGGCGCGACAGCCCC‑TTTgg > 2:733197/1‑251 (MQ=255) gggCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTGTCTCTTTCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGGGTTCCAACGGTCGCGCC‑G‑TTCCCCGGGCCCGACAGCCGCGTTTgg > 2:96052/1‑251 (MQ=255) gcggcgGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCAc < 1:358506/251‑1 (MQ=255) gggcggtcccgtgcGATGGCGGTCGCGCATTTGATATGGTGGCGGCACATGAAGCGAGGGCGGGGGGGATGGAGAAGGCGCATCAGCACGGTTGTGCCGCCGTGGCTCTACATAACTCGCTTCATATCTGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCGGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCTCGCC‑G‑TTCCACGTTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCAcc < 2:348641/238‑1 (MQ=255) gggcggTCACGCTCGATGGCGTGCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGAGGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGAATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCAcc < 2:741514/250‑1 (MQ=255) cggcggTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTTTCTCTATCCCCTTTGTTAGCGTGGGCGGGGTTTCAATGGGCGCGCC‑G‑TTCCCCGGGCGCGACAGCCGC‑ttttggccc > 1:608490/1‑245 (MQ=255) gTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTGTCTTTTTTCACTTTGTTTGAGGGGTCGGGCTTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCCCGGTCGCGACCGCCGC‑TTTgggcccactcc > 2:40568/1‑242 (MQ=255) 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cccatcatATCGGCCGTTTCGGTTACTTGGCGGATCATTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCCCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTTCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCg < 2:232389/247‑1 (MQ=255) gCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTgc < 2:736724/251‑1 (MQ=255) gCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGGATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTTCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCCTTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTgc > 1:309449/1‑251 (MQ=255) 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cGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCt < 1:66825/251‑1 (MQ=255) cGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCTATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGAtt < 2:65340/250‑1 (MQ=255) gTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGGCGGGATTTCAATTGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACCGCCGC‑TTTTGCACCAATCCGTTCTGTGTGGGTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCCTTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGGCGCCAGGTTGCCTGAtttac > 1:175887/1‑248 (MQ=255) 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cggGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCcg > 2:625088/1‑251 (MQ=255) | ATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCC‑G‑TTCCACGGTCGCGACAGCCGC‑TTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCG > NC_000913/836517‑837001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |