| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,978,862 | 0 | A | C | 26.3% | 125.9 / 10.5 | 79 | T88P (ACC→CCC) | wzyE | enterobacterial common antigen polymerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/22); new base C (0/20); total (34/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.44e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCAATTCAGTGGCCTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCT‑ACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGCTTCTTTTACTTTTTCAT > NC_000913/3978612‑3979097 | gcAATTCAGTGGCCTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCa < 1:238062/251‑1 (MQ=255) ttCAGTGGCCTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGGTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCt > 2:16296/1‑250 (MQ=255) tCAGGGGCCTGTTTGATGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGCTT‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTGGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGGTTACTATGTCAccgac > 2:376579/1‑248 (MQ=255) gTGGCCTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACaa > 2:164330/1‑250 (MQ=255) ccTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGGTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTGACTATGTCACCTACAAAAccc < 1:249475/251‑1 (MQ=255) gctgctCAGCACGATGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTAAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCACGCTGACCAGCGTGCTGGGATTACGCTTTGCTG‑TTGGTGT‑C‑GCGACGCCAGAAATCTTGTTGCAGGTGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCCCCGCGGTTTCCTTGGTCACCTAccacctccgcctacgataccgcg > 2:450026/1‑229 (MQ=255) gctCTGCCCGCTTTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGtt < 1:52004/250‑1 (MQ=255) gCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGAt > 2:36139/1‑251 (MQ=255) tGTTTTTTCCCACGCTGACCGGGTTTGATTTCCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTTTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCCCCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGG‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTGGTTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGCCCCCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTAcc < 2:422087/250‑1 (MQ=255) tGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTCTGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAACAGCGTTGCTGATGTACcg > 2:293863/1‑251 (MQ=255) 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ccTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATGTCTGTTTTTGCTCCCCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCGGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTAcc < 1:422502/251‑1 (MQ=255) ggtttggttttCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATTTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATg < 1:279356/243‑1 (MQ=255) gattttCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCGGTTTTTGCTCCCCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAACCCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAAcc < 1:324691/247‑1 (MQ=255) gAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACcg > 1:222864/1‑251 (MQ=255) gAGTTTCGCCGTGCGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACcg > 1:245077/1‑251 (MQ=255) gTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACcgcg > 2:183759/1‑251 (MQ=255) tCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTTTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCCCCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTg < 1:148198/250‑1 (MQ=255) cGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCCCCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGAc < 1:333217/251‑1 (MQ=255) cGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATG‑TTGGTGT‑C‑GCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGC‑TTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCC‑GCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGAc > 1:464754/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |