| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,745,089 | 0 | A | C | 31.9% | 123.4 / 12.0 | 69 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/4); new base C (0/22); total (43/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGAT‑CACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTT‑G‑ATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCC > NC_000913/2744842‑2745335 | tGCCGAGGCTGCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGAT‑CACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTT‑G‑ATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGAGCAAGCTTGCGTCCCTGCGGTGACA‑GATAAATCAcc < 2:401715/250‑1 (MQ=255) gAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAACTGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGAT‑CACGCGCTCACCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTT‑G‑ATTCGTTGCCAGTTCGCTGGCGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACA‑GCTAAATCACCTTTgg > 1:182139/1‑250 (MQ=255) ggCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGAT‑CACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTT‑G‑ATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTg‑cgc > 1:240011/1‑251 (MQ=255) gCTTCATGTCCCAGAACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATCGACCCTTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGAT‑CACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGCATCACTTTTT‑G‑ATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTAGATCAAGCTTTCGTCCCTGTGGTG‑CACGATAACTCACCTTTG‑CGcc > 2:291540/1‑251 (MQ=255) 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cgccgctctccctatccaggTTCGCGGCCGCCCGCTTGCTCAAGCTTGCGTCCGTGTGGTGACA‑GATAAATCCCCTTTG‑CCCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGc < 2:166303/232‑1 (MQ=255) t‑G‑ATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGcc > 1:87914/1‑251 (MQ=255) ttCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGt > 2:68839/1‑251 (MQ=255) 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aCGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCCCGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTact > 2:342933/1‑249 (MQ=255) ccGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTgcg > 1:184429/1‑251 (MQ=255) ccGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTgcg > 1:143058/1‑251 (MQ=255) 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cccTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGCTGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAAc > 1:203695/1‑249 (MQ=255) cccTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAAc > 1:78896/1‑249 (MQ=255) aaCA‑GATAAATCCCCTGTG‑CCCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTAt < 1:16070/250‑1 (MQ=255) aaCA‑GATAAACCCCCTTGG‑CCCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTAt < 1:354217/250‑1 (MQ=255) aaaaTCCCCTTTG‑CCCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAAt < 1:427576/250‑1 (MQ=255) aaTCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTTAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTCATTATGCCAATcc > 2:114711/1‑251 (MQ=255) cACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGCAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAACCAGGCTAATTAt > 2:61591/1‑240 (MQ=255) | TGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGAT‑CACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTT‑G‑ATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACA‑GATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCC > NC_000913/2744842‑2745335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |