| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,453,509 | Δ16,346 bp | [gspB]–chiA | 17 genes [gspB], gspA, gspC, gspD, gspE, gspF, gspG, gspH, gspI, gspJ, gspK, gspL, gspM, gspO, bfr, bfd, chiA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3453509 | 3469854 | 16346 | 50 [0] | [1] 49 | [gspB]–chiA | [gspB],gspA,gspC,gspD,gspE,gspF,gspG,gspH,gspI,gspJ,gspK,gspL,gspM,gspO,bfr,bfd,chiA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3453508 | 0 (0.000) | 48 (0.790) | 47/490 | 0.1 | 100% | coding (420/420 nt) | gspB | putative general secretion pathway protein B |
| ? | NC_000913 | 3469855 = | 0 (0.000) | intergenic (‑2/+290) | chiA/tufA | endochitinase/translation elongation factor Tu 1 | |||||
TGGTTCTGCATGAGACCAGAGCTCCAATTATTTTATAAACGAAAATGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTTATCTCTCAAGTTCGTTCAGTGCATTTTTGACACGCTCTCTTAAACCGGCTTTCTCTTCGCTTTCTTCCACAGTATTTTCTTCGTCTTCAGAAGAAGAGGGGGCATTCTCAACCGCGACGCCTGGGTCATCTTCCTCCTCGACGGATTCGACGACGGGGAGTGGCTGTTTTTTGAAGAAATAGTGTTGTGTTGATTGTTTAAAAGCGGGCGTTTCAGCCTCTACAGTGACTTCGGCTTTTACTA > NC_000913/3453260‑3453752 | tGGTTCTGCATGAGACCAGAGCTCCAATTATTTTATAAACGAAAATGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTat > 1:238458‑M1/1‑249 (MQ=255) ggTTCTGCATGAGACCAGAGCTCCAATTATTTTATAAACGAAAATGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTata < 1:41089‑M1/251‑4 (MQ=255) cTGCATGAGACCAGAGCTCCAATTATTTTATAAACGAAAATGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcc > 1:342966‑M1/1‑244 (MQ=255) gCATGAGACCAGAGCTCCAATTATTTTATAAACGAAAATGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcc < 1:171272‑M1/249‑8 (MQ=255) cATGAGACCAGAGCTCCAATTATTTTATAAACGAAAATGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatccctt > 1:240014‑M1/1‑241 (MQ=255) gagaCCAGAGCTCCAATTATTTTATAAACGAAAATGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtg < 1:252469‑M1/251‑14 (MQ=255) tattTTATAAACGAAAATGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaa > 1:252968‑M1/1‑221 (MQ=255) aaaTGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTAGTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgc < 1:273203‑M1/251‑45 (MQ=255) aaTGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGt > 2:97360/1‑206 (MQ=255) aaTGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGt < 1:97360/206‑1 (MQ=255) cctcAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattattt < 1:222747‑M1/251‑56 (MQ=255) aGACCCATTACGGTTGAGGGGAGAGGGTAACCGGTCTTGCGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATGGTTAGGTAGCCAAATGGGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAGCGACGACAAGCCCGGGCATTATACATTCTTAACCACTGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataataccttgtggcttaaaaactgcaaaacaaaagtcctactcaggaattattcgcgt < 2:121865‑M1/251‑60 (MQ=255) acccgttgcgattgattGGAGCGTGTAAACGTTCTTACGTAGCTACCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACAGAGTTTCAGATTGAAACTGCTTTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATTCTTATCCACCGAACGCAAGCGTAGTGCTAGTAAAGGAAACAGCCTTCGGGTataatcacttgtgacgtaaaagctgcaaaacaaaattcctacgcaggaattatttacgttt < 2:189911‑M1/243‑62 (MQ=255) cccAGTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGGAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgtttt < 1:458068‑M1/251‑63 (MQ=255) ccATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGCGAGCATTGTTAGGCAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGCCCCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGACCGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgtttt > 1:63756‑M1/1‑188 (MQ=255) cATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttac < 2:349819‑M1/251‑65 (MQ=255) ttACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacg > 1:13214‑M1/1‑185 (MQ=255) 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gggAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcagg < 2:20562‑M1/221‑48 (MQ=255) cGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagagcccttcaatatgaattaaatt < 1:164776‑M1/251‑91 (MQ=255) ttCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattac > 2:186683‑M1/1‑159 (MQ=255) 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gTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcatta < 1:148743‑M1/251‑100 (MQ=255) ccccGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaata < 1:81671‑M1/251‑106 (MQ=255) gATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaa < 1:394428‑M1/161‑20 (MQ=255) gATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaa > 2:394428‑M1/1‑142 (MQ=255) 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gggAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaa > 1:187561‑M1/1‑138 (MQ=255) aGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaaagcc > 1:482361‑M1/1‑135 (MQ=255) aGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGAAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaaagcctgacaaatg > 2:55595‑M1/1‑126 (MQ=255) 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gATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcatgaaaaataagaaaaaagcctgacaaatgaagcattttaaaaacagaaacattcatatt < 1:484282‑M1/251‑156 (MQ=255) aaCTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaaagcctgacaaatgaagcattttaaaaacagaaacattcatatttaaaatgttaaattg > 1:234357‑M1/1‑80 (MQ=255) gACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaaagcctgacaaatgaagcattttaaaaacagaaacattcatatttaaaatgttaaattgaattgat < 2:478916‑M1/251‑178 (MQ=255) 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atacTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaaagcctgacaaatgaagcattttaaaaacagaaacattcatatttaaaatgttaaattgaattgatattttaaatatgaataattt > 1:351682‑M1/1‑54 (MQ=255) aaCGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaaagcctgacaaatgaagcattttaaaaacagaaacattcatatttaaaatgttaaattgaattgatattttaaatatgaataatttattcgttctgacag < 2:76613‑M1/251‑212 (MQ=255) aaagtaaaCAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaacagtcctccgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaaagcctgacaaatgaagcattttaaaaacagaaacattcatatttaaaatgttaaattgaattgatattttaaatatgaataatttattcgttctgacagtacgaataagatatgccgtc > 1:62270‑M1/1‑20 (MQ=255) agtaaaCAGCCTTCGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaaagcctgacaaatgaagcattttaaaaacagaaacattcatatttaaaatgttaaattgaattgatagtttaaatatgaataatgtattagttctgacagtacgaataagatatgccgtcaa < 1:209214‑M1/251‑234 (MQ=255) cGGGTataatcccttgtgacgtaaaaactgcaaaacaaaagtcctacgcaggaattatttacgttttacgagaacccttcaatatgaattaaattacggcattaaaaataagaaaaaagcctgacaaatgaagcattttaaaaacagaaacattcatatttaaaatgttaaattgaattgatattttaaatatgaataatttattcgttctgacagtacgaataagatatgccgtcaacaaatgcaaaa > 2:105119‑M1/1‑5 (MQ=255) | TGGTTCTGCATGAGACCAGAGCTCCAATTATTTTATAAACGAAAATGATTACTCCTCAGACCCATTACGATTGATGGGAGAGTGTAACCGTTCTTACGTAGCTCCCCGATTGGGAGCATTGTTAGGTAGCCAAATTCGGCTAACTGAGGTTCAGATTGAACCTGCTGTCAACTACGACAAGCCCGCGCATTATACATACTTAACCACCGAACGCAAGCGTATTGCTAGTAAAGTAAACAGCCTTCGGGTTATCTCTCAAGTTCGTTCAGTGCATTTTTGACACGCTCTCTTAAACCGGCTTTCTCTTCGCTTTCTTCCACAGTATTTTCTTCGTCTTCAGAAGAAGAGGGGGCATTCTCAACCGCGACGCCTGGGTCATCTTCCTCCTCGACGGATTCGACGACGGGGAGTGGCTGTTTTTTGAAGAAATAGTGTTGTGTTGATTGTTTAAAAGCGGGCGTTTCAGCCTCTACAGTGACTTCGGCTTTTACTA > NC_000913/3453260‑3453752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |